Problème d'execution sur l'analyse canonique des corresponda

[Yvain Sommariva]

Bonjour,

Je souhaite effectuer une analyse canonique des correspondances, mais un petit problème subsiste. Lorsque je lance la fonction cca sous le package (vegan) il s’affiche le message d’avertissement suivant :

Warning message:
Some species were removed because they were missing in the data in: cca.default(sp, env)

Il manque effectivement des données lorsque je lance le plot. Pourtant je ne décèle pas, a priori, d’erreur dans mes deux tableaux de données.

Pour vérifier je mets en pièce jointe mes deux tableaux (sp : tabAFC.txt et env : tabACP.txt)
Je précise également le script que j’ai employé jusqu’alors :

library(vegan))
sp<-read.table("tabAFC.txt",header=T,sep="\t",dec=",")
rownames(sp)<-sp$X
sp<-sp[,-1]

env<-read.table("tabACP.txt",header=T,sep="\t",dec=",")
rownames(env)<-env$X
env<-env[,-1]

beau.cca<-cca(sp,env)


L’analyse sous le package ade4 engendre le même message d’erreur.

Merci d’avance pour votre aide.

[Nicolas Péru]

Est ce que tes 2 tableaux sont correctement importés ou manque t'il déjà des données ?

[Yvain Sommariva]

non , mais deux tableaux sont correctement importés et il ne manque aucune données.
Le problème est que lorsque j'exécute le plot il me manque une variable à l'affichage, et toujours celle qui correspond à l'avant dernière du tableau "env".
Et s'est toujours l'avant dernière, même si j'intervertie les variables.

A mince je viens de voir que j'ai oublié de mettre les tableaux en pièces jointes dans le message précédent. Voilà chose faite.

Par exemple dans le plot dans ma pièce jointe on peut voir qu'il manque ma variable Jussie, mais si j'intervertie la colonne Jussie avec celle du Paspalum, s'est alors le Paspalum qui n'apparait plus dans le plot.

http://img73.imageshack.us/img73/5573/ccaqy1.jpg

[Nicolas Péru]

je ne vois pas où est ce qu'on peut récupérer les pièces jointes sur le forum donc je peux pas tester :|
as tu regardé les objets dans la liste de ta cca pour voir si ta variable s'y trouve où si elle a vraiment été supprimée ?

[E.V. Dennst]

non , mais deux tableaux sont correctement importés et il ne manque aucune données.
Le problème est que lorsque j'exécute le plot il me manque une variable à l'affichage, et toujours celle qui correspond à l'avant dernière du tableau "env".
Et s'est toujours l'avant dernière, même si j'intervertie les variables.

Il n'y aurait pas une colonne de valeurs qui serait prise pour une colonne de noms ? (Pas sûr du tout, mais ça m'évoque ce genre de souci).

[Logez Maxime]

Bonjour,


Une autre piste a regarder est peut être que cette variable ne s'exprime pas sur le plan factoriel 1-2.

Maxime

[Logez Maxime]

Re,

Il se peut aussi que la variable jussie soit corrélée avec l'axe2, et pas du tout corrélée avec l'axe1. Avec cca de la library ade4 tu veras tout ça.

Maxime

[Logez Maxime]

Re,


En fait jussie disparaît parce que cette variable est une combinaison linéaire des quatre autres :

Code : Tout sélectionner

lm1 <-lm(jussie~hauteur.eau+jonc+recouvrement+paspalum,data=as.data.frame(env))
summary(lm1)

Call:
lm(formula = jussie ~ hauteur.eau + jonc + recouvrement + paspalum,
    data = as.data.frame(env))

Residuals:
       Min         1Q     Median         3Q        Max
-3.154e-16 -1.418e-16 -7.165e-17  6.961e-17  7.838e-16

Coefficients:
               Estimate Std. Error    t value Pr(>|t|)   
(Intercept)   1.000e+00  5.886e-16  1.699e+15   <2e-16 ***
hauteur.eau  -3.938e-18  2.213e-17 -1.780e-01    0.864   
jonc         -1.000e+00  3.805e-16 -2.628e+15   <2e-16 ***
recouvrement -2.047e-16  3.049e-16 -6.720e-01    0.523   
paspalum     -1.000e+00  4.902e-16 -2.040e+15   <2e-16 ***
---
Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1

Residual standard error: 3.688e-16 on 7 degrees of freedom
Multiple R-Squared:     1,      Adjusted R-squared:     1
F-statistic: 4.017e+30 on 4 and 7 DF,  p-value: < 2.2e-16

anova(lm1)
Analysis of Variance Table

Response: jussie
             Df    Sum Sq   Mean Sq    F value    Pr(>F)   
hauteur.eau   1   1.22444   1.22444 9.0008e+30 < 2.2e-16 ***
jonc          1   0.38559   0.38559 2.8345e+30 < 2.2e-16 ***
recouvrement  1   0.00975   0.00975 7.1669e+28 < 2.2e-16 ***
paspalum      1   0.56618   0.56618 4.1620e+30 < 2.2e-16 ***
Residuals     7 9.523e-31 1.360e-31                         
---
Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1


Avec les quatre variables tu es donc a même de reconstituer jussie.

Voila pourquoi cette variable disparait de ton analyse, elle n'apporte rien car elle est déjà "comprise" dans les quatre autres.

Maxime

[Logez Maxime]

Re,

En me servant de la fonction cca de la librairie vegan, j'ai obtenu ça :

Code : Tout sélectionner

library(vegan)
cca(sp,env)

Call:
cca(X = sp, Y = env)

              Inertia Rank
Total          1.7350     
Constrained    0.8575    4
Unconstrained  0.8775    7
Inertia is mean squared contingency coefficient
Some constraints were aliased because they were collinear (redundant)

Eigenvalues for constrained axes:
   CCA1    CCA2    CCA3    CCA4
0.42751 0.23822 0.13969 0.05209

Eigenvalues for unconstrained axes:
    CA1     CA2     CA3     CA4     CA5     CA6     CA7
0.36006 0.18578 0.15297 0.10083 0.03471 0.02651 0.01663

Warning message:
Some species were removed because they were missing in the data in: cca.default(sp, env)

Il est bien indiqué par "Some constraints were aliased because they were collinear (redundant)", que certaines variables ont été enlevées car elles étaient redondantes ce qui ne fait que confirmer mon post précédent.

Maxime

[Yvain Sommariva]

Merci beaucoup pour cette réponse précise et bien détaillée.
je vais pouvoir m'atteler à cette acc l'esprit plus serein.

(Et pour répondre à Nicolas Peru : Je suis désolé, je me suis mal formulé en indiquant l'envoie des fichiers par pièces-jointes. Faute de pouvoir le faire, j'ai uniquement indiqué un lien du print ecran de ma manipulation avec le plot)