Signaler un bug ou dysfonctionnement dans R ?

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Pierre Casadebaig
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Signaler un bug ou dysfonctionnement dans R ?

Messagepar Pierre Casadebaig » 02 Mai 2007, 15:20

Bonjour,

Avant de creuser ces problèmes plus en détails (et la mailing de R) je me demandais si certains d'entre vous avaient repéré des bugs sur deux opérations précises :

- sous R version OSX, parfois (je ne sais vraiment pas ce qui déclenche ce comportement) un fichier texte lu avec read.table() entraine un type "facteur" pour chaque colonne par défaut... peu importe les arguments utilisés (colClasses="numeric"). Fermer et relancer R résout la problème : le même code importe dans un R un data.frame avec des colonnes numériques.

- R sous windows : une fonction utilisant xyplot et l'argument xlim passé en argument cause la fermeture de la fenêtre de R sans message d'erreur (pas de crash windows). si xlim est défini comme un objet au début de la fonction, tout se passe correctement.

Je ne sais pas si c'est assez générique, ni quelle procédure suivre pour faire remonter ces "bugs" vers des développeurs.

Merci !

Logez Maxime
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Re: Signaler un bug ou dysfonctionnement dans R ?

Messagepar Logez Maxime » 02 Mai 2007, 15:34

Bonjour,


Pierre Casadebaig a écrit :Bonjour,
- sous R version OSX, parfois (je ne sais vraiment pas ce qui déclenche ce comportement) un fichier texte lu avec read.table() entraine un type "facteur" pour chaque colonne par défaut... peu importe les arguments utilisés (colClasses="numeric"). Fermer et relancer R résout la problème : le même code importe dans un R un data.frame avec des colonnes numériques.


Le premie de tes problèmes vient peut être de as.is plutôt que de colClasses. Je suis sous windows alors je ne sais pas ce que ça donne sous OS mais par défaut read.table transforme les colonnes de caractères en facteur, mais si tu mets as.is=TRUE alors il conserve les caractères en type character. N'est-ce pas aussi un problème de conversion de chaîne de caractères en nombre car sous windows si tu essaies de mettre (colClasses="numeric" sur une colonne qui contient des caractères la commande ne marche pas mais ça ne fait pas bugé R (en tout cas pas chez moi, mais j'ai que la version 1.4.1).

Je pense qu'il faut faire attention avant de relater un bug aux auteurs, que le bug ne vienne pas de soi.

Maxime

Pierre Casadebaig
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Messagepar Pierre Casadebaig » 02 Mai 2007, 16:07

Oups, désolé j'ai pas été très clair dans mes explications sur les data.frames créés avec read.table : mes données dans les fichiers ne comportent que des nombres (sauf l'entête du fichier).
Dans certains cas read.table("mon fichier", header=T) créé un dataframe avec tt les colonnes de type "facteur" donc avec grosso modo autant de niveaux que de lignes dans le fichier source.
Si j'essaye de forcer un type de colonne numérique, il ne se passe rien de différent. Fermer et relancer R rends read.table plus raisonnable et cette fonction (mêmes arguments) donne enfin un dataframe "normal".

Logez Maxime
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Messagepar Logez Maxime » 02 Mai 2007, 16:10

Re,

Alors oulie mon post précédent il ne répond pas à ta question. Tu travailles avec quel version de R ?

Maxime

Pierre Casadebaig
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Messagepar Pierre Casadebaig » 02 Mai 2007, 16:31

La 2.4.1 pour les deux OS.

Renaud Lancelot
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Re: Signaler un bug ou dysfonctionnement dans R ?

Messagepar Renaud Lancelot » 02 Mai 2007, 17:02

Pierre Casadebaig a écrit :R sous windows : une fonction utilisant xyplot et l'argument xlim passé en argument cause la fermeture de la fenêtre de R sans message d'erreur (pas de crash windows). si xlim est défini comme un objet au début de la fonction, tout se passe correctement.


Pouvez-vous donner un exemple complètement reproductible ?

Renaud

Pierre Casadebaig
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Messagepar Pierre Casadebaig » 03 Mai 2007, 08:11

Justement, pas pour l'instant : j'arrive à reproduire le bug sur ma configuration, juste en changeant le niveau ou est passé l'argument "xlim", mais il me reste à creuser pour voir si c'est reproductible sur une fonction minimale (l'actuelle dépends des sorties d'autres fonction et d'une requête SQL...)

Je me disais juste que j'allais poser la question avant d'entreprendre de creuser ce pb :)


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