Bonjour,
J'effectue des analyses de survie à partir de modèle de cox avec des effets aléatoires (modèles mixtes nécessitant le package Coxme) et je souhaiterai faire un graphique à partir d'un modèle averaging.
Méthodo:
- plusieurs modèles avec covariables et interactions ont été simulés
- sélection des modèles sur la base de l'AIC
- j'ai retenu ceux ayant un poids non nul
- extraction des coefficients et calcul des coef pondérés "manuellement" pour créer un model averaging car pour l'instant aucun package ne permet de l'effectuer avec des modèles de cox à effet aléatoire.
- j'essaie de tracer un graphe à partir de l'équation de survie composée de mes coef pondérés calculés (du model averaging donc), et c’est là que ça bloque.
Mon but est pourtant "simple": tracer une courbe de survie considérant tous mes effets, en faisant varier uniquement une des covariables afin de montrer son effet. Du fait du nombre important de covariables, la fonction graphique survfit du package "survival" ne fonctionne pas.
Je pensais ruser en traçant les courbes via l'équation de survie
S= exp [lambda0 (t)* exp(somme des beta * cov)]
mais je ne comprends pas comment est calculé la survie à un temps t. Elle semble dépendre d'une "fonction de base nonnegative" (lambda) que je n'arrive pas à recalculer (quoi que je fasse, la valeur est toujours négative) :-(
Je peux envoyer les scripts en cas de besoin. Peut-être avez vous des suggestions pour résoudre mon problème de graphe sans passer par la drastique méthode de l'estimation manuelle du taux de survie en fonction du temps?! En tout cas je l'espère :-)
Passez une bonne journée
Paméla