Analyse factorielle

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Romain Lecachey
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Analyse factorielle

Messagepar Romain Lecachey » 23 Mai 2007, 10:37

Bonjour à tous !

Je dois réaliser ne série de tests s'appuyant sur l'analyse factorielle discriminante !
Quelqu'un pourrait me renseigner sur quelles fonctions issues de quels package seraient les plus appropriés pour obtenir des résultats corrects et bien représentatifs par le biais d'un graphique ?
Ces analyses sont à effectuer sur différents types de données !
Merci d'avance pour votre aide !
@+

Nicolas Péru
Messages : 1408
Enregistré le : 07 Aoû 2006, 08:13

Messagepar Nicolas Péru » 23 Mai 2007, 11:22

salut,

encore une fois ce serait bien d'être plus précis sur la forme des données et sur ce que tu as besoin de faire.
Sinon le package le plus adapté reste ade4.

nicolas sauvageot
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Messagepar nicolas sauvageot » 23 Mai 2007, 12:33

pour charger le package ade4, il faut bien taper library(ade4) ou .....
parce que ça ne marche pas.
ça fait 2 jours que je me suis mis à R.

Nicolas Péru
Messages : 1408
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Messagepar Nicolas Péru » 23 Mai 2007, 12:58

il faut installer le package avant toute chose donc...
si tu débutes sous R, la première chose à faire est de lire le tutorial d'E.Paradis. Avec ça tu auras les bases nécessaires pour aller t'amuser avec R

tu peux te rendre pour retrouver un lien vers ce document et d'autres

nicolas sauvageot
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questions

Messagepar nicolas sauvageot » 23 Mai 2007, 13:52

j'ai commencé à le lire,mais je dois rendre un projet assez urgznt.
est ce que tu saurais comment récupérer les valeurs sur les facteurs discriminants des difféerents individus.
merci

Romain Lecachey
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Messagepar Romain Lecachey » 23 Mai 2007, 14:06

Re-bonjour,

Voici le bout de code que j'ai établi :

Code : Tout sélectionner

testCorr <- function(nomFichier1 , nomFichier2 ,nomFichier3 ,type_image , donnees , NbVariables)
{
library(ade4)
panel.cor <- function(echantillon1, echantillon2, digits=3, prefix="", cex.cor)
{
    usr <- par("usr"); on.exit(par(usr))
    par(usr = c(0, 1, 0, 1))
    r <- abs(cor(echantillon1, echantillon2))
    txt <- format(c(r, 0.123456789), digits=digits)[1]
    txt <- paste(prefix, txt, sep="")
    if(missing(cex.cor)) cex <- 0.7/strwidth(txt)

    test <- cor.test(echantillon1, echantillon2)
    # borrowed from printCoefmat
myPal <- colorRampPalette( c("green", "red") )
Signif <- symnum(test$p.value, corr = FALSE, na = FALSE,
                  cutpoints = c(0, 0.5, 0.7, 0.85, 0.95, 1),
                  symbols = c(myPal(5)[1],myPal(5)[2],myPal(5)[3],myPal(5)[4],myPal(5)[5]))
          polygon(c(0,1,1,0),c(0,0,1,1),border="black",col=Signif)   
          text(0.5, 0.5, txt, cex = cex,col="black")
}

bitmap(nomFichier1,type_image,width=10,height=10,res=72,pointsize=12)
pairs(donnees[,c(1:NbVariables)],main=main,lower.panel=panel.smooth, upper.panel=panel.cor)
dev.off()

db <- donnees[,c(1:NbVariables)]
pca1 <- dudi.pca(db, scannf = FALSE, nf = 3)

bitmap(nomFichier2,type_image,width=10,height=10,res=72,pointsize=12)
score(pca1)
dev.off()

bitmap(nomFichier3,type_image,width=10,height=10,res=72,pointsize=12)
s.corcircle(pca1$co)
dev.off()

graphics.off()
}



Mais j'ai un problème : Avec les bitmap je récupère bien mes graphiques quand j'en demande un par un mais ça plante lorsque j'appelle la fonction entière ! (il ne reconnait pas la variable db ! )
Y a t-il quelqu'un qui pourrait m'indiquer une autre fonction qui pourrait m'aider ?
Merci de votre aide !

Logez Maxime
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Messagepar Logez Maxime » 23 Mai 2007, 14:35

Bonjour,

rajoute : assign("db",db,envir=sys.frame(0)) après la ligne pca1 <- ...

Maxime

P.S : je ne trouve pas que les bornes que tu as choisie pour les p.values soient judicieuses, je les trouve adapté pour les valeurs de corrélation. Pour les p.value j'aurai pris un truc du genre 0,0.001,0.01,0.05,0.10,1.

Romain Lecachey
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Messagepar Romain Lecachey » 23 Mai 2007, 15:09

Salut Maxime !
Je te remercie ça marche nickel, j'obtiens exactement ce que je voulais !( juste 2,3 détails à revoir )
Merci aussi pour les bornes de mes p_values, en fait je ne comprenais pas trop comment ça marchait alors je galèrais !
Bonne journée et peut-être à bientôt dans le forum !
@+


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