/inst/extdata

[natacha nikolic]

Bonjour,

Apparemment j'aurai une erreur dans mon package concernant la direction que je donne sur des fichiers autres que des .rda

J'ai mis ces fichiers dans un répertoire /inst/extdata

Et dans le man, sur l'exemple de ma fonction j'ai mis:

Fonction (File = "../NomPackage/inst/extdata/job.Batch")

Quand je fais mon R CMD check NomPackage
je n'ai aucun messages d'erreurs et warnings sous Windows.

Mais en passant sous linux il y a cette erreur:

cannot open file '../NomPackage/inst/extdata/job.Batch': No such file or
directory

Pourtant quand je fais un dir(system.file("extdata", package="NomPackage"))

je vois bien mon fichier!

J'ai donc essayé d'autre lien comme:

(File = file.path(NomPackage,"inst","extdata","job.Batch")
(File = system.file("inst","extdata","job.Batch",package="NomPackage")

mais sans succès.

Quelqu'un aurait-il déjà rencontré ce problème?

P.S: je me suis rendue compte que dans le .Rcheck /inst disparait, il ne reste plus que /extdata

Natacha

[Maxime Hervé]

Bonjour,

je vous confirme qu'une fois le package installé, le dossier "inst" disparaîtra. Il faut donc donner un chemin qui va directement dans "NomPackage/extdata". Au passage, si vous voulez une solution multi-plateforme, je vous conseille d'utiliser ça :

Code : Tout sélectionner

File=file.path(.path.package(NomPackage),"extdata","job.Batch",fsep=.Platform$file.sep)

Cette formulation un pou lourde permet (i) de trouver le package où qu'il soit installé et (ii) de gérer les chemins quel que soit le système d'exploitation (ils ne s'écrivent pas de la même façon sous Windows et Linux par exemple).

Maxime

[jean lobry]

Code : Tout sélectionner

File=file.path(.path.package(NomPackage),"extdata","job.Batch",fsep=.Platform$file.sep)

Bonjour,

Une autre solution plus compacte :

Code : Tout sélectionner

File = system.file("extdata/job.Batch", package = "NomPackage")

Très cordialement,

Jean Lobry

[Maxime Hervé]

Une autre solution plus compacte :

Code : Tout sélectionner

File = system.file("extdata/job.Batch", package = "NomPackage")

Est-ce que le / dans "extdata/job.Batch" est bien reconnu par toutes les plates-formes ?

Maxime

[jean lobry]

Est-ce que le / dans "extdata/job.Batch" est bien reconnu par toutes les plates-formes ?

Bonjour,

Oui, pas de problème particulier, exemple vécu ici avec mon petit paquet seqinr.

Très cordialement,

Jean Lobry

[natacha nikolic]

Merci pour vos réponses.
Les deux fonctionnent sous windows mais je dois le tester sous linux pour être sûre.