R <-> MySQL sur serveur Ubuntu

[Aurélien Madouasse]

Bonjour,

J'ai une base de données MySQL sur un serveur Linux/Ubuntu et j'aimerais pouvoir échanger des données entre la base de données et R.

Est-ce que quelqu'un utiliserait ce genre de configuration? J'aurais aimé avoir des avis sur les meilleures solutions en terme de performances, facilités d'installation et d'utilisation.

RMySQL, RODBC, ???

Merci,

Aurélien

[Pierre Bady]

hello,

Pour Ubuntu, la connection RMySQL et R marche très bien (ex. requêtes sur des bases du type dbSNP, knownGene, etc ...).
Pour RODBC, la gestion des drivers ODBC peut se révéler assez m****** (au moins dans mon cas ?!).

HTH

pierre

[Aurélien Madouasse]

OK, merci. J'avais essayé d'installer RMySQL sans succès. Je vais peut-être creuser un peu plus dans cette direction dans ce cas.

Aurélien

[Nicolas Péru]

Salut,

J'ai pas essayé encore sous Ubuntu mais l'installation sous windows7 64bits est un peu casse-tête. On y laisse quelques cheveux et ongles mais comme d'habitude on finit par y arriver (il faut ajouter des variables d'environnement windows, avoir une install propre de MySQL et enfin on peut arriver à ne serait ce qu'installer Rmysql !!!).

J'avais trouvé quelques tutoriaux sur le net via google. Espérons que ce soit plus simple sous Ubuntu !!!

Nicolas

[Stéphane Vervalle]

Bonjour,

Ces jours-ci, j'ai tenté d'installer RMySQL sous Windows 8 sans succès. Pour débloquer la situation je me suis rabattu vers RODBC ce qui m'a permis d'accéder à mon serveur MySQL 5.6 et d'avancer dans mon projet.

Ceci dit, je n'aime pas rester sur un échec et je serais preneur de toutes informations pratiques pour réussir l'installation de ce fameux package RMySQL, soit une sorte de guide pratique qui serait surement utile à d'autres !

A la lecture de nombreux threads sur le sujet, j'ai découvert que ce package n'était plus livré sous sa forme binaire et qu'il fallait donc le compiler sur la machine cible avec RTools. J'ai compris aussi qu'il fallait régler des problèmes de PATH windows et déplacer des .dll vers les bons répertoires, ...malgré toutes ces manips, je n'ai jamais réussi à franchir l'étape de compilation sans erreur. Par dépit, j'ai tout désinstallé (et n'ai plus à disposition le dernier message d'erreur rencontré) mais je serai ok pour tout reprendre si je recevais un coup de pouce de quelqu'un qui aurait déjà franchi toutes les étapes.

[Aurélien Madouasse]

De mémoire, c'est assez compliqué sous Windows. J'avais fini par utiliser RODBC qui fonctionne sur sytème 32 bits. Par contre, RMySQL fonctionne bien sous ubuntu.

Il y a quelques liens sur internet qui décrivent comment faire. Pas testé.
http://www.r-bloggers.com/installing-the-rmysql-package-on-windows-7/
http://stackoverflow.com/questions/5223113/using-mysql-in-r-for-windows

library(fortunes)
fortune(70)
At some point the complexity of installing things like
this for Windows will cross the complexity of installing Linux

Bon courage,

Aurélien

[Nicolas Péru]

ça fait parti des choses que j'avais testé à l'époque. ça reste une grosse galère car à chaque windows/machine ses petites spécificités.

En plus, je suis sous windows 7 et je crains très fortement que l'environnement windows ait sensiblement évolué au passage à la v8. Déjà sous seven il n'y avait pas besoin de compiler avec Rtools qui devient une nouvelle source d'incertitude sur l'installation.

Je suis du genre têtu mais j'avoue que sur ce genre d'installation le gain devient très relatif. Donc si ça marche avec RODBC il n'y a aucune raison d'aller se lancer dans une galère pour ne rien gagner. Ma collègue avait réussi à avoir une installation fonctionnelle de RmySQL sous seven. Je peux lui demander si elle se rappelle de la séries de choses à faire...

As you want :)

[Stéphane Vervalle]

merci de vos réponses...

Je connaissais le lien sous Stackoverflow et avais déjà suivi les étapes, le lien sous R-bloggers me donne des infos nouvelles mais semble considérer que la package RMySQL soit un binaire, ce qui n'est plus le cas maintenant (cf. propos du "mainteneur" du package lui-même).

Je crois que je vais suivre le conseil de Nicolas Péru et me contenter de RODBC.

Si cela peut éviter à d'autres de s'embarquer dans une galère certaine avec RMySQL, j'en serai ravi ;-)