l'interprétation des sorties de R pour le modèle de Cox

[med amine]

Bonjour,
Dans le cadre de mon Projet de Fin d'étude d'ingénieurat, j'ai utilisé le modèle de Cox pour faire une étude de survie, et ceci via la commande coxph puis summary.Je sais que exp(coeff) signifie le "hazard ratio".Dans mon modèle je n'ai que des variables qualitatives. Théoriquement, pour chaque variable il y a autant de "hazard ratio" que de modalités et parmi ces "HH" il y a une qui vaux 1, c'est la modalité de référence. Ce qui nous permetterai de conclure que toutes choses égales par ailleurs, le risque de voir l'événement d'intérêt chez un individu ayant une modalité m (autre que la modalité de référence)est exp(coeff) fois que la modalité de référence. Le problème c'est les commandes signalés ci-dessus ne donne qu' un HH pour chaque variables.

[Marine Cadoret]

Bonjour,

Tu n'as peut-être pas spécifié que tes variables qualitatives étaient des facteurs... du coup le logiciel les prend comme continues et ne te renvoie q'une estimation par variable.
Il faut utiliser la fonction as.factor pour transformer tes variables en facteurs.

Marine

[Romain Lecachey]

Bonjour,

En parlant de modèle de survie :
Quelqu'un pourrait m'expliquer la différence entre une étude grâce au modèle de Cox et celle grâce à la méthode de Kaplan-Meier ?
Je n'ai pas bien saisi ou compris cette différence !
Merci d'avance,

Romain,

[med amine]

bonjour,
Toujours, consernant la modélisation de Cox:
J'ai mis ma base de données dans un tableau xl
Je l'ai enregistré en un fichier texte avec le type"texte (séparateur=tabilation)(*.txt)(*.txt)"
J'ai lu mes données avec la commade read.table("cotyle.txt", header=T)
Quand je fais le modèle de cox avec la commande coxph, on me réclame l'erreur: syntax error, unexpected ')', expecting '\n' or ';'
Comment puis je corriger ceci?
cordialement

[med amine]

Bonjour,
je trouve que ces documents pourront être utile pour comprendre cox:
http://cran.r-project.org/doc/vignettes ... alysis.pdf
http://www.math.unm.edu/~bedrick/PIBBS/Rsurv.pdf
http://cran.r-project.org/doc/contrib/F ... ession.pdf

Consernant ma dernière question, j'ai trouvé la solution.
merci

[med amine]

salut,
J'ai fais la programmation de mon modèle de cox et la sortie de summary est ci dessous. J'ai remarqué que 'se' est très élevé, la p-valeur vaut 1, le hh certains très élevé et d'autre très petit...
C'est vrai que dans ma base sur mes 45 individus je n'ai 2 observations complètes (non censuré). Mes questions:
Est que c'est la nature des données qui est derrière ces sorties?
Pourquoi y a t il des valeurs manquantes bien que je n'ai pas de valeurs manquantes dans ma base?
"e+09" veut dire 10 à la puissance 9?
Que signifie "Inf"?

> summary(bigmodel)
Call:
coxph(formula = Surv(y[, 1], y[, 2]) ~ as.factor(age.cotyle) +
as.factor(y[, 4]) + as.factor(y[, 5]) + as.factor(y[, 6]) +
as.factor(y[, 7]) + as.factor(y[, 8]))

n= 45
coef exp(coef) se(coef) z p
as.factor(age.cotyle)2 -10.840 1.96e-05 15899733 -6.82e-07 1
as.factor(y[, 4])2 -20.005 2.05e-09 15902519 -1.26e-06 1
as.factor(y[, 5])2 21.698 2.65e+09 89192 2.43e-04 1
as.factor(y[, 5])3 12.534 2.77e+05 303457 4.13e-05 1
as.factor(y[, 5])4 -1.563 2.10e-01 132080 -1.18e-05 1
as.factor(y[, 6])2 -3.577 2.80e-02 224768 -1.59e-05 1
as.factor(y[, 6])3 8.242 3.80e+03 15901972 5.18e-07 1
as.factor(y[, 6])4 0.658 1.93e+00 15903450 4.14e-08 1
as.factor(y[, 7])2 NA NA 0 NA NA
as.factor(y[, 8])2 NA NA 0 NA NA

exp(coef) exp(-coef) lower .95 upper .95
as.factor(age.cotyle)2 1.96e-05 5.10e+04 0 Inf
as.factor(y[, 4])2 2.05e-09 4.88e+08 0 Inf
as.factor(y[, 5])2 2.65e+09 3.77e-10 0 Inf
as.factor(y[, 5])3 2.77e+05 3.60e-06 0 Inf
as.factor(y[, 5])4 2.10e-01 4.77e+00 0 Inf
as.factor(y[, 6])2 2.80e-02 3.58e+01 0 Inf
as.factor(y[, 6])3 3.80e+03 2.63e-04 0 Inf
as.factor(y[, 6])4 1.93e+00 5.18e-01 0 Inf
as.factor(y[, 7])2 NA NA NA NA
as.factor(y[, 8])2 NA NA NA NA

Rsquare= 0.143 (max possible= 0.184 )
Likelihood ratio test= 6.93 on 8 df, p=0.544
Wald test = 0 on 8 df, p=1
Score (logrank) test = 8.17 on 8 df, p=0.417
merci d'avance,
(je dépose mon rapport le 16 juin)