Bonjour
J’ai un problème de syntaxe pour la formulation d’un modèle hiérarchisé un peu complexe.
J’aimerais pouvoir formuler ce modèle correctement dans la fonction lme() et aussi (si vous avez le temps…) dans lm() ou aov() avec ou sans terme error(). Je ne comprend pas bien le fonctionnement de ce dernier terme. Lorsque j’écris un modèle complètement fixe dans lm ou aov, les degrés de liberté ne sont pas corrects (pour les facteurs hiérarchisés). Je dois donc faire fausse route quelque part.
Voici le modèle (désolé pour les explications un peu longues) :
J’aimerais comparer le poids à l’éclosion d’insectes issus de populations urbaines et rurales élevées à 2 températures différentes. Pour ce faire, 2 villes ont été choisies. Dans chaque ville on a prélevé 6 populations sur 6 sites (3 urbaines et 3 rurales) et pour chaque population on a élevé 3 familles (descendants d’une même femelle). Chaque famille a été répartie en 2 cages placées à 2 températures différentes.
J’ai donc 2 facteurs fixes et 3 facteurs aléatoires hiérarchisés principaux (+ des interactions).
Fixes :
- landscape (type de paysage : urbain ou rural)
- temp (température : chaud ou froid)
- landscape :temp (l’interaction)
ce sont ces trois paramètres qui m’intéressent.
aléatoires :
- city (la ville : Bruxelles ou Anvers)
- sitenr %in% city : landscape (3 populations ou sites hiérarchisés à la fois dans la ville et le type de paysage)
- family %in% sitenr (3 familles hiérarchisées dans population ou site)
+ 5 interactions aléatoires qui ne m’intéressent pas directement ici :
- landscape :city
- temp : city
- temp : sitenr %in% city
- temp: family %in% sitenr
- temp :landscape :city
pour lme, j’imagine quelque chose comme çà : (je reçois un message d’erreur)
# lme classique par REML
library(nlme)
lme.F <-lme(eclweight~landscape + temp + landscape :temp , random= ~ 1|city:landscape/sitenr/family ,na.action=na.exclude,method="REML", data=fem)
summary(lme.F)
anova.lme(lme.F)
pour aov entièrement fixe, le code suivant ne donne pas les bons degrés de liberté :
# modèle hiérarchisé entièrement fixe
lm.F <- aov(eclweight~ landscape + temp + landscape:temp + city + sitenr %in% city:landscape + family %in% sitenr + city:landscape + temp:city + temp:sitenr %in% city:landscape + temp:family %in% sitenr + temp:city:landscape , data=fem)
summary(lm.F)
En espérant que vous pourrez m’aider
Merci d’avance
Gilles San Martin