Syntaxe modèle hiérarchisé dans lme()

Postez ici vos questions, réponses, commentaires ou suggestions - Les sujets seront ultérieurement répartis dans les archives par les modérateurs

Modérateur : Groupe des modérateurs

Gilles San Martin
Messages : 211
Enregistré le : 08 Juin 2007, 17:25

Syntaxe modèle hiérarchisé dans lme()

Messagepar Gilles San Martin » 11 Juin 2007, 15:03

Bonjour

J’ai un problème de syntaxe pour la formulation d’un modèle hiérarchisé un peu complexe.
J’aimerais pouvoir formuler ce modèle correctement dans la fonction lme() et aussi (si vous avez le temps…) dans lm() ou aov() avec ou sans terme error(). Je ne comprend pas bien le fonctionnement de ce dernier terme. Lorsque j’écris un modèle complètement fixe dans lm ou aov, les degrés de liberté ne sont pas corrects (pour les facteurs hiérarchisés). Je dois donc faire fausse route quelque part.

Voici le modèle (désolé pour les explications un peu longues) :

J’aimerais comparer le poids à l’éclosion d’insectes issus de populations urbaines et rurales élevées à 2 températures différentes. Pour ce faire, 2 villes ont été choisies. Dans chaque ville on a prélevé 6 populations sur 6 sites (3 urbaines et 3 rurales) et pour chaque population on a élevé 3 familles (descendants d’une même femelle). Chaque famille a été répartie en 2 cages placées à 2 températures différentes.


J’ai donc 2 facteurs fixes et 3 facteurs aléatoires hiérarchisés principaux (+ des interactions).
Fixes :
- landscape (type de paysage : urbain ou rural)
- temp (température : chaud ou froid)
- landscape :temp (l’interaction)
ce sont ces trois paramètres qui m’intéressent.

aléatoires :
- city (la ville : Bruxelles ou Anvers)
- sitenr %in% city : landscape (3 populations ou sites hiérarchisés à la fois dans la ville et le type de paysage)
- family %in% sitenr (3 familles hiérarchisées dans population ou site)

+ 5 interactions aléatoires qui ne m’intéressent pas directement ici :

- landscape :city
- temp : city
- temp : sitenr %in% city
- temp: family %in% sitenr
- temp :landscape :city


pour lme, j’imagine quelque chose comme çà : (je reçois un message d’erreur)

# lme classique par REML
library(nlme)
lme.F <-lme(eclweight~landscape + temp + landscape :temp , random= ~ 1|city:landscape/sitenr/family ,na.action=na.exclude,method="REML", data=fem)
summary(lme.F)
anova.lme(lme.F)

pour aov entièrement fixe, le code suivant ne donne pas les bons degrés de liberté :

# modèle hiérarchisé entièrement fixe
lm.F <- aov(eclweight~ landscape + temp + landscape:temp + city + sitenr %in% city:landscape + family %in% sitenr + city:landscape + temp:city + temp:sitenr %in% city:landscape + temp:family %in% sitenr + temp:city:landscape , data=fem)
summary(lm.F)

En espérant que vous pourrez m’aider
Merci d’avance
Gilles San Martin

Retourner vers « Questions en cours »

Qui est en ligne

Utilisateurs parcourant ce forum : Aucun utilisateur enregistré et 1 invité