J’ai fait une mesure sur différents génotypes (A, B, C) à différents ages (1, 2, 3). Un des génotypes est le traitement expérimental (A), les 2 autres sont des controles (B et C). J’aimerais faire une ANOVA pour regarder l’effet de l’âge, du génotype et l’interaction entre les deux, en contrastant le génotype A avec les controles B et C. Je crois avoir réussi ( ?) lorsque ‘age’ est spécifiée comme une variable continue. Par contre je n’arrive pas à interpréter l’output de R quand je spécifie ‘age’ comme facteur.
Voici ce que j’ai fait :
Code : Tout sélectionner
> contrasts(geno)<-cbind(c(-2,1,1),c(0,1,-1))
> contrasts(geno)
[,1] [,2]
A -2 0
B 1 1
C 1 -1
> model<-lm(prop~age*geno)
> summary(model)
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) 1.189569 0.026761 44.451 <2e-16 ***
age -0.029274 0.012332 -2.374 0.0195 *
geno1 -0.007622 0.018830 -0.405 0.6865
geno2 0.046856 0.032935 1.423 0.1579
age:geno1 0.011578 0.008688 1.333 0.1857
age:geno2 -0.022113 0.015159 -1.459 0.1478
Là je comprends que j’ai un effect significatif de l’age, que les deux contrastes pour l’effet ‘geno’ et pour l’interaction ‘age x geno’ ne sont pas significatifs.
Si je spécifie age comme facteur, j obtiens l’output suivant que je n’arrive pas à interpréter en ce qui concerne les contrastes pour l’interaction age x geno:
Code : Tout sélectionner
> model<-aov(prop~age*geno)
> summary.lm(model)
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) 1.186250 0.016238 73.054 < 2e-16 ***
age2 -0.105414 0.022964 -4.590 1.33e-05 ***
age3 -0.059941 0.022795 -2.630 0.00994 **
geno1 0.008199 0.011397 0.719 0.47363
geno2 0.044680 0.020033 2.230 0.02803 *
age2:geno1 0.001299 0.016298 0.080 0.93665
age3:geno1 0.022460 0.016058 1.399 0.16510
age2:geno2 -0.077746 0.028021 -2.775 0.00663 **
age3:geno2 -0.046315 0.028021 -1.653 0.10160
Je pense que je n’ai pas fait la bonne analyse ( ?). Est-ce quelqu’un pourrait m’aider à l’interpréter? Sinon il y a-t-il une autre façon de faire un contraste sur une interaction entre deux facteurs dans R ?
Merci,
juliette