contraste pour une interaction entre 2 facteurs

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Juliette Pont
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contraste pour une interaction entre 2 facteurs

Messagepar Juliette Pont » 21 Juin 2007, 13:01

Bonjour,

J’ai fait une mesure sur différents génotypes (A, B, C) à différents ages (1, 2, 3). Un des génotypes est le traitement expérimental (A), les 2 autres sont des controles (B et C). J’aimerais faire une ANOVA pour regarder l’effet de l’âge, du génotype et l’interaction entre les deux, en contrastant le génotype A avec les controles B et C. Je crois avoir réussi ( ?) lorsque ‘age’ est spécifiée comme une variable continue. Par contre je n’arrive pas à interpréter l’output de R quand je spécifie ‘age’ comme facteur.
Voici ce que j’ai fait :

Code : Tout sélectionner

> contrasts(geno)<-cbind(c(-2,1,1),c(0,1,-1))
> contrasts(geno)
          [,1]    [,2]
A         -2        0
B          1        1
C          1       -1

> model<-lm(prop~age*geno)
> summary(model)

Coefficients:
               Estimate    Std. Error    t value       Pr(>|t|)   
(Intercept)    1.189569      0.026761     44.451      <2e-16 ***
age           -0.029274      0.012332     -2.374      0.0195 * 
geno1         -0.007622      0.018830     -0.405      0.6865   
geno2          0.046856      0.032935      1.423      0.1579   
age:geno1      0.011578      0.008688      1.333      0.1857   
age:geno2     -0.022113      0.015159     -1.459      0.1478   


Là je comprends que j’ai un effect significatif de l’age, que les deux contrastes pour l’effet ‘geno’ et pour l’interaction ‘age x geno’ ne sont pas significatifs.

Si je spécifie age comme facteur, j obtiens l’output suivant que je n’arrive pas à interpréter en ce qui concerne les contrastes pour l’interaction age x geno:

Code : Tout sélectionner

> model<-aov(prop~age*geno)
> summary.lm(model)

Coefficients:
               Estimate    Std. Error    t value    Pr(>|t|)   
(Intercept)    1.186250      0.016238    73.054      < 2e-16 ***
age2          -0.105414      0.022964      -4.590    1.33e-05 ***
age3          -0.059941      0.022795     -2.630     0.00994 **
geno1          0.008199      0.011397      0.719     0.47363   
geno2          0.044680     0.020033       2.230     0.02803 * 
age2:geno1     0.001299      0.016298      0.080     0.93665   
age3:geno1     0.022460      0.016058      1.399     0.16510   
age2:geno2    -0.077746      0.028021     -2.775     0.00663 **
age3:geno2    -0.046315      0.028021     -1.653     0.10160   


Je pense que je n’ai pas fait la bonne analyse ( ?). Est-ce quelqu’un pourrait m’aider à l’interpréter? Sinon il y a-t-il une autre façon de faire un contraste sur une interaction entre deux facteurs dans R ?
Merci,
juliette

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