Prédiction analyse discriminante

[Marie Debré]

Bonjour,

J'ai un fichier dans lequel j'ai des données morphologiques pour des individus appartenant à 2 espèces ainsi que des échantillons pour lesquels je voudrais prédire l'espèce (indsup) :

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tout <- read.table("morpho_MQST_avec_archeo.txt", header=T, sep="\t")
indsup <- c(1395:1409)
archeo <- tout[indsup,]
dacsyl <- tout[-indsup,]

Je fais une analyse discriminante visant à différencier les deux espèces en incluant seulement les échantillons de départ :

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lda_nef <- lda(dacsyl[,7:70], dacsyl$Species2, CV=F)

J'arrive à obtenir les coordonnées des individus de départ et des individus supplémentaires :

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coord.dacsyl <- predict(lda_nef)$x   
pred_coord <- predict(lda_nef, archeo[,7:70])$x       

Et j'arrive aussi à obtenir l'espèce à laquelle sont alloués les individus supplémentaires :

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pred_class <- predict(lda_nef, archeo[,7:70])$class

Mais j'aimerais savoir s'il est possible d'obtenir, pour les individus supplémantaires, un pourcentage d'allocation à chacune des espèces.
En effet, quand on fait une lda avec CV=T, on obtient ces pourcentages. Mais je ne peux pas faire CV=T ici car sinon, je suis obligée de mettre une information au départ à mes individus supplémentaires....

Merci de votre aide,

Marie

[Pierre Bady]

bonjour,

cf l'element "posterior":

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pred_class <- predict(lda_nef, archeo[,7:70])$class
pred_post <- predict(lda_nef, archeo[,7:70])$posterior

par contre, c'est une proba, pas un pourcentage.


HTH

pierre

[Marie Debré]

Génial merci !