Calculer de FST.

[Benjamin Leduc]

Bonjour,

Lors d'un échange avec ma directrice de thèse, pour l'analyse de donnés AFLP, elle m'a donné le conseil suivant:

About
Diversity Index I believe you need to use indices that are suitable for
bi-parentally inherited, neutral markers (like AFLP), e.g the do the
standard Fst, which measures the deviation in hetrozygotes due to population
sub-division.

Après avoir googleisé ça, on trouve cette ref: Hartl and Clark, 1989 ... Est ce qu'il y a qui que ça soit qui ai une idée pour calculer ça facilement?

mon tableau de donné est binaire (1 / 0) avec en ligne les individus et en colonne les allèles ...

merci d'avance....

[Pierre Bady]

hello,

le calcul des Fst et Gst sont implémentés dans adegenet.
par contre, il faudra peut-être modifier un peu le format de tes données (voir la doc du package + site web:http://adegenet.r-forge.r-project.org/).

voir aussi : http://finzi.psych.upenn.edu/cgi-bin/na ... name=views


hth


pierre

[Benjamin Leduc]

Merci pour cette réponse, j'ai installé le package... j'ai lu la notice un peu.... Il parlent surtout de séquences et pas de markers anonymes.... Je ne suis pas contre une piste....

[Gabriel Terraz]

Sinon y'a le package pegas

[Benjamin Leduc]

donc; en essayant la methode adegenet, il faut tout d'abords créer un objet genind...

Code : Tout sélectionner

genind(gel)

   #####################
   ### Genind object ###
   #####################
- genotypes of individuals -

S4 class:  genind
@call: genind(tab = gel)

@tab:  169 x 55 matrix of genotypes

@ind.names: vector of  169 individual names
@loc.names: vector of  1 locus names
@loc.nall: number of alleles per locus
@loc.fac: locus factor for the  55 columns of @tab
@all.names: list of  1 components yielding allele names for each locus
@ploidy:  2
@type:  codom

Optionnal contents:
@pop:  - empty -
@pop.names:  - empty -

@other: - empty -


En entrant d'abords l'objet pour voir si il est corect pas de problème.... cela dit je ne suis pas avec un marqueur codominant mais dominant...

Code : Tout sélectionner

> genind(gel,type="PA")
Erreur dans `colnames<-`(`*tmp*`, value = "L1") :
  la longueur de 'dimnames' [2] n'est pas égale à l'étendue du tableau


Qui sais me dire ce qui m'arrive?

[Yves Rousselle]

Il nous faudrait avoir une idée de ton tableau de données "gel" pour pouvoir t'aider.
Tu as un seul marqueur ?

[Benjamin Leduc]

Il nous faudrait avoir une idée de ton tableau de données "gel" pour pouvoir t'aider.
Tu as un seul marqueur ?

non, c'est de l'AFLP, donc....
169 individus en ligne, 55 marker 1/0 en colone...
Voilà un morceau:

Code : Tout sélectionner

          al.225 al.236 al.250 al.260 al.262 al.263 al.265 al.270 al.273
B-40-2n-T        1      0      1      1      0      1      0      0      0
B-41-2n-T        1      0      1      1      0      1      0      1      0
B-43-2n-T        1      0      1      1      0      0      0      0      0
B-47-2n-T        0      0      1      1      0      1      0      1      0
B-52-2n-T        0      1      1      1      0      1      1      1      0
B-72-3n-T        0      0      1      0      0      0      0      1      0
B-73-2n-A        0      0      1      1      0      0      0      1      0
B-75-4n-T        0      0      1      1      0      1      0      0      0
B-83-4n-A        0      0      1      1      0      1      0      0      0
B-84-4n-NA       0      0      1      1      0      1      0      1      0


[Yves Rousselle]

Je te demandais le nombre de marqueur parce que dans ton premier import, l'objet genind précise un seul nom de locus (ligne commençant par "@loc.names:") :

Code : Tout sélectionner

> genind(gel)

   #####################
   ### Genind object ###
   #####################
- genotypes of individuals -

S4 class:  genind
@call: genind(tab = gel)

@tab:  10 x 9 matrix of genotypes

@ind.names: vector of  10 individual names
@loc.names: vector of  1 locus names
@loc.nall: number of alleles per locus
@loc.fac: locus factor for the  9 columns of @tab
@all.names: list of  1 components yielding allele names for each locus
@ploidy:  2
@type:  codom

Optionnal contents:
@pop:  - empty -
@pop.names:  - empty -

@other: - empty -



La solution à ton problème apparaît quand on lui demande les noms de locus qu'il a réussi à récupérer de l'import de gel dans un objet genind :

Code : Tout sélectionner

> gel.genind@loc.names
  L1
"al"


Il a donc (sans que je puisse pourquoi) un soucis avec les points dans les noms de locus qui l'empêche de lire correctement les noms de locus et de voir qu'il y en a plus qu'un.

Si tu enlèves les points, ça marche très bien. (J'ai repris juste le fragment de ta table dans mon exemple) :

Code : Tout sélectionner

> names(gel)<-gsub(".","",names(gel),fixed=T)
> genind(gel,type="PA")


   #####################
   ### Genind object ###
   #####################
- genotypes of individuals -

S4 class:  genind
@call: genind(tab = gel, type = "PA")

@tab:  10 x 9 matrix of genotypes

@ind.names: vector of  10 individual names
@loc.names: vector of  9 locus names
@loc.nall: NULL
@loc.fac: NULL
@all.names: NULL
@ploidy:  2
@type:  PA

Optionnal contents:
@pop:  - empty -
@pop.names:  - empty -

@other: - empty -


J'espère que ça résoudra effectivement ton problème.

[Benjamin Leduc]

Merci, cela m'a permis d'avancer.... Jusqu'au problème suivant....

Si quelqu'un as une idée tordu:

Code : Tout sélectionner

genind(gel,pop=info$Pop,prevcall=NULL, ploidy=info$Ploidy, type="PA")

   #####################
   ### Genind object ###
   #####################
- genotypes of individuals -

S4 class:  genind
@call: genind(tab = gel, pop = info$Pop, prevcall = NULL, ploidy = info$Ploidy,
    type = "PA")

@tab:  169 x 55 matrix of genotypes

@ind.names: vector of  169 individual names
@loc.names: vector of  55 locus names
@loc.nall: NULL
@loc.fac: NULL
@all.names: NULL
@ploidy:  2 2 2 2 2 3 2 4 4 4 4 4 4 2 4 2 2 4 2 4 2 4 2 4 2 4 2 4 2 3 2 3 2 4 2 3 2 4 2 4 3 3 4 2 4 2 4 2 4 3 4 2 4 2 4 2 4 2 3 4 4 2 3 4 2 4 3 3 2 4 2 4 2 4 4 4 4 2 4 2 4 4 3 4 4 4 2 3 4 2 4 4 2 4 2 2 3 2 4 2 4 2 4 2 4 4 2 2 4 3 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 2 2 3 2 2 4 3 4 2 4 4 2 2 4 3 4 2 4 4 2 4 3 2 3 2 4 2 4 2 4 4 4 2 2 2 4 2 2 4 2 4 2 2 4 4 4 4 2
@type:  PA

Optionnal contents:
@pop:  factor giving the population of each individual
@pop.names:  factor giving the population of each individual

@other: - empty -

Message d'avis :
In if (plo < as.integer(1)) stop("ploidy inferior to 1") :
  la condition a une longueur > 1 et seul le premier élément est utilisé

Oui, j'ai le cariotype de chaque individu, qui peut être diploïde, triploïde ou tétraploïde.... pas sur que l'on puisse gérer....

Sinon.... J'avance sans tenir compte de se point:

Code : Tout sélectionner

genind(gel,pop=info$Pop,prevcall=NULL, type="PA")->Betgen
pairwise.fst(Betgen)
Erreur dans Hs(temp) : not implemented for presence/absence markers
De plus : Message d'avis :
In df2genind(tab, pop = pop, ploidy = x[[1]]@ploidy, type = x[[1]]@type) :
  non-polymorphic marker(s) deleted


ça doit pas être adapté...

Version avec pegas:

Code : Tout sélectionner

as.loci(Betgen)->Betloc
Fst(Betloc)
Erreur dans Fst(Betloc) : Fst() requires diploid data


pas mieu...