AFD - inertie des axes impropables

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Simon Brégand
Messages : 21
Enregistré le : 07 Juin 2007, 06:06

AFD - inertie des axes impropables

Messagepar Simon Brégand » 11 Juil 2007, 14:33

Bonjour à tous,
J'ai un petit échantillon de 10 palmiers (4 sains, 3 moyennement malades et 3 fortement malades). J'ai fait une ACP (avec ade4) et j'aimerais faire maintenant une AFD :

Code : Tout sélectionner

T<-read.table("Couvert.txt",header=TRUE)
T.num<-T[,sapply(T,is.vector)]
l<-T$Palmier
afc<-dudi.coa(T.num,scannf=FALSE,nf=3)
afcd<-discrimin(afc,fac=l,scannf=FALSE,nf=3)
sumvp<-sum(afcd$eig)
inertie<-afcd$eig/sumvp*100
inertie.c<-cumsum(inertie)

et jobtiens un résultat étrange puisque j'ai 9 axes qui ont tous une inertie de 11.11%... est-ce possible ou bien ais-je commis une erreur que je n'arrive pas à trouver dans mon code ?
Merci pour votre aide
SImon

Logez Maxime
Messages : 3138
Enregistré le : 26 Sep 2006, 11:35

Messagepar Logez Maxime » 11 Juil 2007, 15:35

Bonjour,

Je pense que le problème vient du facteur que tu as rentré dans discrimin. Quel est la tête de T$Palmier ? Es-tu sur qu'il ne prend que trois modalités (à priori ici je dirais qu'il en prend 10 soit une par palmier). De plus je ne sais pas ce que tu peux avoir comme information sur des palmiers qui nécessitent une afc, l'afc étant faite pour des tables de contingence.

Maxime

Samir Messad
Messages : 76
Enregistré le : 10 Jan 2005, 20:56

Messagepar Samir Messad » 12 Juil 2007, 10:45

Bonjour,

vous n'avez pas décrit votre fichier d'explicatives mais il est vraisemblable que votre objectif de discrimination sera difficile à atteindre avec un nombre d'observations aussi faible (n=10).
Pourquoi ne pas vous orientez sur les méthodes de discrimination PLS (Partial Least Square). Méthodes PLS qui peuvent donner des résultats épatants même lorsque tout semble d'avance perdu ...

TenenhausM., La régression PLS. Théorie et pratique, Editions Technip, Paris, 1998

Samir Messad

Simon Brégand
Messages : 21
Enregistré le : 07 Juin 2007, 06:06

Messagepar Simon Brégand » 12 Juil 2007, 15:28

Je vous remercie pour vos remarques. Samir tu as raison mon facteur dans discrim $Palmier ne prend pas 3 modalités mais quand je faisais tourné avec $Etat (3 modalités) il m'imposait 2 axes d'inertie égale 50-50 ce qui me semblait bizarre...
Je te remercie aussi Maxime j'avais prévus de faire une PLS par la suite... je pense que j'aurai de nouveaux besoin de vos conseils à ce moment là !
Bon week-end à tous ! :D
Simon


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