syntaxe aov

[Iris Chanay]

Bonjour j'aurai aime avoir quelques precisions sur la syntaxe et le mode de calcul de la fonction aov car je ne trouve rien dans la documentation

Par exemple je voudrais effectuer une anova avec trois facteurs fixes : lot (5modalites), serie(2modalites) et gestation (2modalites)

Comment dois-je rediger la formule de l'anova:

Code : Tout sélectionner

 aov(conso~lot*serie*gestation)
ou aov(conso~serie*gestation*lot)
ou aov(conso~gestation*lot*serie)

Chaque calcul me donne un resultat different.
Comment la fonction aov calcule-t-elle les carres moyens?

Merci d'avance.

[Tillard]

Bonjour

Code : Tout sélectionner

? formula

cordialement

[Renaud Lancelot]

Si votre plan est déséquilibré, il vaut mieux utiliser lm plutôt que aov. Par ailleurs, la formule détermine l'ordre dans lequel les variables sont introduites dans le modèle: l'analyse de variance affichée avec anova ou aov est donc séquentielle, ce qui explique les différences entre les tables d'analyse de la variance.

Renaud

[Iris Chanay]

Merci pour vos reponses.
Mon plan est desequilibre, je dois donc utiliser une fonction de type lm.
Pour information mes deux facteurs sont fixes.

Seulement avec la fonction anova(lm...) j'obtiens de nouveau une anova sequentielle. Or je voudrais que mes facteurs ne soient pas "nested". J'ai essaye ce code

Code : Tout sélectionner

 print(anova(lm(J14aJ18~serie*lot, na.action=na.omit)),[color=red]type="m"[/color])

Mais j'ai encore des differences de calcul entre serie*lot ou lot*serie.
Comment syntaxer ma fonction pour que mes deux facteurs ne soient pas niches?

Aussi je voulais essayer de faire une anova avec la fonction lme (du package nlme) mais une fois de plus je ne comprends pas la syntaxe que je dois utiliser.

Avec cette ecriture j'obtiens un message d'erreur

Code : Tout sélectionner

fm=lme(fixed=J14aJ18~lot*serie, na.action=na.omit)
Erreur dans getGroups.data.frame(dataMix, groups) :
        Formule incorrecte pour les groupes


En essayant avec la fonction groupedData j'obtiens aussi un message d'erreur:

Code : Tout sélectionner

donnees=groupedData(J14aJ18~lot*serie)
Erreur dans groupedData(J14aJ18 ~ lot * serie) :
        Le membre de droite du premier argument doit être une expression conditionnelle


Je n'arrive pas a trouver le code pour deux facteurs a effets fixes et non niches.

Merci d'avance pour votre aide.

[Logez Maxime]

Bonjour,


Premièrement je te conseille de regarder le lien suivant :
https://www.biostat.envt.fr/wiki/index.php?title=Analyse_de_variance&printable=yes#Conditions_d.27utilisation_d.27une_ANOVA
Et tu verras que quand tu emploies la synthaxe facteur1*facteur2 tu ne considères pas l'effet du facteur 2 comme niché dans facteur 1. Ici le fait que tu obtiennes des résultats différents dans l'anova suivant l'odre dans lequel tu rentres les facteurs provient du fait que ton plan n'est pas équilibré et que donc les sous espaces vectoriels associés à ces deux facteurs ne sont pas totalement "indépendants". Ce n'est donc pas a priori un problème de synthaxe, et je ne pense pas que passer de aov à lm change quoi que ce soit au problème. Peut-être peux tu regarder tu côté du hierarchial partitioning mais je ne connais pas la validité d'une telle méthode pour seulement deux variables, mais tu aurais une idée de comment se répartissent les effets (librarie hierpart).

Maxime

Maxime

[Eric Pagot]

J'ai effectivement le même problème : dès que les modalités sont différentes en nombre, les résultats sont différents selon l'ordre des facteurs. Pourtant, j'ai toujours un résultat quand j'utilise un autre logiciel de stat (Systat en l'occurence). La somme des carrés est affichée et reste la même quel que soit l'ordre des facteurs...
Est-ce un problème de type d'analyse de variance (cela varie de type I à type IV) ?

[François Bonnot]

Est-ce un problème de type d'analyse de variance (cela varie de type I à type IV) ?

Oui. Ainsi que l'explique Renaud ci-dessus, l'analyse de variance affichée avec anova ou aov est séquentielle. Elle correspond au type I dans la littérature.
Pour une explication bien présentée des types I à III, voir par exemple :
http://www.agroparistech.fr/IMG/pdf/ModLin_2007.pdf
en particulier le chapitre sur la notion d'orthogonalité.

Petite remarque de traduction sur ce qui précède : "nested" se traduit par "emboîté" dans le cas de facteurs.