Performance de R pour une anova

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Francoise Pfiffelmann
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Performance de R pour une anova

Messagepar Francoise Pfiffelmann » 23 Juil 2007, 10:48

Bonjour,
Je voudrais remplacer un appel en batch de SAS par un appel en batch de R pour une Anova.
Mais j'ai remarqué des différences en termes de performance car R met 2 fois plus de temps que SAS.
Voici un extrait de mon code:

Code : Tout sélectionner

stoutput<-file("res_oneWayAnova.dat","w");
cat("Param|F|Prob",file=stoutput,"\n");
for (i in 1:n) {
p<-list_param[[i]]
aov_<-aov(A[,p]~ A[,"wafer"],data=A);
anova_<-summary(aov_);
if (!is.na(anova_[[1]][1,5]) & anova_[[1]][1,5]<=0.0001) res_aov<-cbind(p,anova_[[1]][1,4],"<0.0001") else res_aov<-cbind(p,anova_[[1]][1,4],anova_[[1]][1,5]);
cat(res_aov, file=stoutput, append = TRUE,sep = "|","\n");
};
close(stoutput);



Pour info, A est un data.frame d'environ 400 lignes et 1810 colonnes et n=1800 paramètres.
Je débute sur l'utilisation de R et m'en sers sous Unix et en mode batch.
Est-ce que qq peut regarder mon code et me dire s'il y a moyen d'optimiser ce tratement qui met environ 2mns30 ?

Merci

Françoise

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