Changement de R

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Bienvenue KOUWAYE
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Changement de R

Messagepar Bienvenue KOUWAYE » 26 Nov 2013, 15:38

Bonjour Chers tous

Actuellement j'ai la version R.2.15, je ne sais pas comment faire pour passer à la version R.3. sous linux.
Merci de m'aider
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Jean-Emmanuel Longueville
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Messagepar Jean-Emmanuel Longueville » 26 Nov 2013, 16:01

Il serait bon de savoir :
-quelle distribution utilisez vous ?
-quels dépots utilisez vous ?

Par exemple sous debian en utlisant les dépot du CRAN un simple

Code : Tout sélectionner

su
mdp
aptitude update
aptitude full-upgrade

Permet de mettre à jour R en même temps que le reste des paquets de la distribution
Jean-Emmanuel
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Bienvenue KOUWAYE
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Messagepar Bienvenue KOUWAYE » 26 Nov 2013, 16:10

Jean-Emmanuel Longueville a écrit :Il serait bon de savoir :
-quelle distribution utilisez vous ?
-quels dépots utilisez vous ?

Par exemple sous debian en utlisant les dépot du CRAN un simple

Code : Tout sélectionner

su
mdp
aptitude update
aptitude full-upgrade

Permet de mettre à jour R en même temps que le reste des paquets de la distribution



Je suis sous Ubuntu
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Dominique Soudant
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Messagepar Dominique Soudant » 26 Nov 2013, 16:12

Ca met à jour dans la limite de la version présente dans les dépôts, non ? Pour se maintenir à jour relativement au CRAN :
http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/
pour les ?ubuntu. Les distrib prises en charge sont là :
http://cran.r-project.org/bin/linux/
Pour les miroirs :
http://cran.r-project.org/mirrors.html
J'utilise actuellement http://cran.irsn.fr/, j'en utilisais un autre avant, mais il ne marche plus.
@+

dicko ahmadou
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Messagepar dicko ahmadou » 26 Nov 2013, 16:20

Je ne suis plus sous ubuntu (j'utilise Arch Linux).
Mais je me souviens que le ppa de Michael Rutter (R-SIG-Debian) permet d'avoir la derniere version de R et de beaucoup d'autres programmes (Jags, package R, etc.) .

Suffit juste d'ajouter ce ppa dans tes dépots :

Code : Tout sélectionner

sudo add-apt-repository ppa:marutter/rrutter


Ensuite de mettre de lancer l'upgrade

Code : Tout sélectionner

sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
The best thing about being a statistician is that you get to play in everyone's backyard.
John Tukey

Dominique Soudant
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Messagepar Dominique Soudant » 26 Nov 2013, 19:58

dicko ahmadou a écrit :j'utilise Arch Linux
Arf :P T'es un guerrier Dicko ! Ca me tente beaucoup, pour le coté rolling release mais l'installation d'une arch pur beurre, ça a l'air un peu rock'n roll. A cet égard, manjaro linux à l'air de présenter une alternative intéressante.
Sincèrement,
@+

Bienvenue KOUWAYE
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Messagepar Bienvenue KOUWAYE » 27 Nov 2013, 09:34

Avec l'aide d'un ami j'ai pu passer de R.2 à R.3.

Pour passer de R.2 à R.3
1) On ouvre un terminal
2) on se connecte en super utilisateur : sudo -s
3) on fait : gedit /etc/apt/sources.list
4) Il y a un fichier « source.list » qui apparaît
5) On entre dans ce fichier, on va au niveau de « distribution » et ajoute la ligne :
deb http://cran.univ-lyon1.fr/bin/linux/ubuntu quantal/
6) On ferme le fichier /etc/apt/sources.list
7) On va dans le terminal et on fait
- sudo apt-get update
-sudo apt-get install r-base
-gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9
-gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -
- sudo apt-get update

Mais le problème est que je n'arrive pas à installer les packages.
Le logiciel pour installer le package abc fait:


> install.packages("abc")
Installing package into ‘/home/kouwaye/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0’
(as ‘lib’ is unspecified)
essai de l'URL 'http://cran.univ-lyon1.fr/src/contrib/abc_1.8.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 5330185 bytes (5.1 Mb)
URL ouverte
==================================================
downloaded 5.1 Mb

* installing *source* package ‘abc’ ...
** package ‘abc’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
** R
** data
** inst
** preparing package for lazy loading
Error : package ‘nnet’ was built before R 3.0.0: please re-install it
ERROR: lazy loading failed for package ‘abc’
* removing ‘/home/kouwaye/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/abc’
Warning in install.packages :
installation of package ‘abc’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
‘/tmp/Rtmpf9cIB5/downloaded_packages’

Là je ne sais plus quoi faire
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Bienvenue KOUWAYE
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Messagepar Bienvenue KOUWAYE » 27 Nov 2013, 10:29

Il faut faire les commandes :

aptitude update
aptitude upgrade
aptitude install r-base
et tout marche bien.

Merci à mon ami Césaire Y.
KOUWAYE BIENVENUE

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