R 3.1 et package Hsmic sous Linux mint

[Hubert RAYMONDAUD]

Je travaille sous Linux mint 13 (may la dernière LTS) avec RStudio
Dans les dépots de linux mint La seul version de R disponible est la 2.14

Or le package Hmisc ne fonctionne par avec cette version de R !!

voici ma version et le message d'erreur :
> version
_
platform x86_64-pc-linux-gnu
arch x86_64
os linux-gnu
system x86_64, linux-gnu
status
major 2
minor 14.1
year 2011
month 12
day 22
svn rev 57956
language R
version.string R version 2.14.1 (2011-12-22)
> library(Hmisc)
Erreur : le package ‘Hmisc’ a été compilé pour x86_64-apple-darwin10.8.0
De plus : Message d'avis :
le package ‘Hmisc’ a été compilé avec la version R 3.1.0

Quelqu'un aurait-il une procédure simple d'installation ou l'adresse d'un fichier d'installation .deb pour la version3.1 de R (je rappelle sous linux!!)???

Merci d'avance

Hubert Raymondaud

[Serge Rapenne]

Bonjour,

Tu peux très bien installer la version du CRAN de Hmisc.
Il faut au préalable installer le package r-base-dev (l'installation de ce package a de nombreuses dépendances mais un "sudo apt-get install r-base-dev" devrait les installer automatiquement) puis dans Rstudio, c'est très facile, il suffit d'aller dans le l'onglet "packages" dans la fenêtre de droite et de faire "Install Packages" puis de choisir Install from Repository(CRAN). puis d'indiquer Hmisc. Si tu veux que Hmisc soit dispo pour tous les utilisateurs, il faut lancer rstudio en sudo pour faire l'installation.

Je n'utilise pas Mint mais Debian mais ça ne devrait pas changer grand chose.

Serge

[Serge Rapenne]

Re bonjour,

En fait je ne suis pas sur d'avoir bien compris ton problème, j'avais mal saisie le pb de version de R 2.14.

Une autre solution est de mettre à jour R vers la version 3.1 pour cela comme Mint 13 est basé sur Ubuntu Precise, si tu ajoutes le dépôt http://cran.univ-lyon1.fr/bin/linux/ubuntu precise. Pour cela dans synaptic, menu "Configuration"->"Dépôts"->"Other Software"->"Add" indiquer "deb http:///bin/linux/ubuntu/precise main" puis Recharger, Tout mettre à Niveau et appliquer

Serge

[Hubert RAYMONDAUD]

Merci pour ta réponse mais ça ne marche pas.
Voici les messages d'erreur de j'obtiens quand je lance le gestionnaire de mise à jour après avoir ajouté la ligne indiquée :

E: Ligne 11 mal formée dans la liste des sources /etc/apt/sources.list (analyse de distribution)
E: Impossible de lire la liste des sources.
Vous pouvez essayer de corriger le problème en ouvrant la fenêtre des dépôts.
E: _cache->open() failed, please report.

Le problème c'est que maintenant il ne me fait plus aucune mise à jour..

Comment puis-je revenir à l'état initial autrement dit comment supprimer du fichier sources.list, les lignes nouvellement inscrites ??

Hubert

Re bonjour,

En fait je ne suis pas sur d'avoir bien compris ton problème, j'avais mal saisie le pb de version de R 2.14.

Une autre solution est de mettre à jour R vers la version 3.1 pour cela comme Mint 13 est basé sur Ubuntu Precise, si tu ajoutes le dépôt http://cran.univ-lyon1.fr/bin/linux/ubuntu precise. Pour cela dans synaptic, menu "Configuration"->"Dépôts"->"Other Software"->"Add" indiquer "deb http:///bin/linux/ubuntu/precise main" puis Recharger, Tout mettre à Niveau et appliquer

Serge

[Serge Rapenne]

Normalement, il suffit de supprimer l'entrée dans synaptic.
Si j'ai un peu de temps, je vais installer un mint 13 dans une virtual box et je ferais des tests.

Serge

[Serge Rapenne]

Bon, tests réalisés,

Je me suis lamentablement planté dans la ligne à ajouter. c'est « deb http://cran.univ-lyon1.fr/bin/linux/ubuntu precise/» (ne pas oublier le / final) et non «deb http:///bin/linux/ubuntu/precise main». il faudra peut-être ajouter la clef gpg du dépôt au préalable :

Code : Tout sélectionner

gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv 51716619E084DAB9
gpg --export --armor 51716619E084DAB9 | sudo apt-key add -

puis

Code : Tout sélectionner

sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base
sudo apt-get install r-base-dev

avec ça, ça devrait rouler, toutes mes excuses pour l'erreur.

Serge

[Hubert RAYMONDAUD]

Bonsoir

Un grand merci tout a marché impeccablement

En fait il suffit d'ajouter les clés et l'adresse du dépot
et d'activer la mise à jour.
Il a plus de mise à jours de faites que les 3 que vous avez indiquées

Deux petites questions supplémentaires :

1° Sous RStudio, les nouveaux packages sont installés dans /home (il dit ne pas avoir l'autorisation pour aller dans /...) ce qui ne me plait pas car je ne peut pas les sauvegarder sur la même image que les autres programmes (j'ai trois partitions /, /home /swap)....

a) Comment faire pour autoriser RStudio à écrire dans / et dans quel dossier?, ou bien comment installer directement des packages dans /...

b) Comment faire pour rapatrier dans /... les packages déjà installés dans /home ?

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Bon, tests réalisés,

Je me suis lamentablement planté dans la ligne à ajouter. c'est « deb http://cran.univ-lyon1.fr/bin/linux/ubuntu precise/» (ne pas oublier le / final) et non «deb http:///bin/linux/ubuntu/precise main». il faudra peut-être ajouter la clef gpg du dépôt au préalable :

Code : Tout sélectionner

gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv 51716619E084DAB9
gpg --export --armor 51716619E084DAB9 | sudo apt-key add -

puis

Code : Tout sélectionner

sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base
sudo apt-get install r-base-dev

avec ça, ça devrait rouler, toutes mes excuses pour l'erreur.

Serge

[Serge Rapenne]

Installe les packages avec le compte «root» (sudo rstudio), ils seront installés dans /usr/local/lib/R/site-library. Il faudra, se connecter de temps à autre en temps que root pour faire les mises à jour.

Pour les mises à jour plus nombreuses, c'est normal, r-base-dev a de nombreuses dépendances qui doivent être installées cf https://packages.debian.org/fr/sid/r-base-dev

Serge

[Hubert RAYMONDAUD]

Un grand merci pour tous ces renseignements ...
Et bon vent à linux ....

Installe les packages avec le compte «root» (sudo rstudio), ils seront installés dans /usr/local/lib/R/site-library. Il faudra, se connecter de temps à autre en temps que root pour faire les mises à jour.

Pour les mises à jour plus nombreuses, c'est normal, r-base-dev a de nombreuses dépendances qui doivent être installées cf https://packages.debian.org/fr/sid/r-base-dev

Serge