Bonjour,
Je souhaiterais calculer la spécificité, la fidélité et l'indval de toutes les espèces de macrofaune benthique qui constituent ma base de données "abondance" (avec les espèces en colonnes et les stations en lignes) afin de déterminer quelles sont les espèces représentatives de mes différents groupes de stations réparties en fonction de 3 habitats.
Mon problème est que je n'arrive pas à faire fonctionner la fonction indval() pour que le calcul se fasse en fonction de mes groupes pré-définis (mes habitats). Je n'arrive à le faire fonctionner que sur la base de groupes définis via un cutree() sur un dendrogramme de mes données. Mais ce n'est pas ce que je veux faire car le dendrogramme me donne trop de groupes.
J'ai essayé de lui indiquer un tableau dans lequel j'ai attribué à chacune de mes stations le groupe auquel elle appartient mais je ne dois pas le faire correctement car ça ne fonctionne pas.
Voici mon script:
read.table("ficher_abondances.txt", header=T, row.names=1) -> abond
head(abond)
gp <- read.table("fichier_station_groupe.txt", header=T)
gp
A B CH CS CV D E F GH GS GV H I J K L M N O P PHI Q R S T U V W X Y Z
1 1 1 2 1 3 1 1 1 2 1 3 1 1 1 1 1 2 2 3 2 3 2 3 3 3 2 3 3 3 2 3
library(labdsv)
indval(abond,gp)-> indval
Et voici le message d'erreur qui apparait:
indval(abond,gp)-> indval
WARNING: renumbering clusters to consecutive integers
[1] "error code = 0"
Est-ce que quelqu'un peut m'indiquer où se situe mon erreur?
D'autre part, j'aimerais identifier quelles sont les espèces sont les indval sont significatifs, comment faire? Quelles lignes de code appliquer?
Merci beaucoup pour votre aide!