[Resolu] Adegenet

[Jean-Emmanuel Longueville]

Bonjour,
Est il possible à partir d'une variable au format genpop (adegenet) d'en soustraire certaine population par un critère sur le nom et en refaire une autre variable au format genpop ?

Merci

[denis laloe]

Bonjour,
pour reprendre l'exemple de adegenet

data(nancycats)
obj <- genind2genpop(nancycats)
# obj est un objet genpop. Pour enlever les populations 1 et 3, on fait :
x<-obj[ !(obj$pop.names %in% c("1","3")),]

Sinon, pour les questions relatives à ce package, le plus simple est d'aller sur le forum dédié.
http://adegenet.r-forge.r-project.org/

[Jean-Emmanuel Longueville]

Solution
La solution est somme toutes assez simple :
1 on sépare toutes les populations existantes :

Code : Tout sélectionner

toto <- seppop(data)

2 On récupère dans la liste nos populations d'intéret :

Code : Tout sélectionner

popI <- toto[c(Pop1,Pop2)]

3 On repool le tout pour obtenir un object genind

Code : Tout sélectionner

poppool <- repool(popI)

Pardon j'ai mal posé ma question je dois rester en format genind d'adegenet. Et mon soucis avec le "forum" adegenet c'est qu'il est sous forme de liste de diffusion.

J'ai un fichier .gen contenant 43 populations.
je fais un

Code : Tout sélectionner

pop= c("nom1","nom2")
test = seppop(data,pop)


test est bien une liste de 2 éléments
mais si je fais un repool de test :

Code : Tout sélectionner

test1 = repool(test)

J'obtiens un fichier genind avec 43 populations et non 2.

Votre solution fonctionne correctement mais d'un objet genpop on ne peut plus revenir au format genind et pairwise.fst que j'utilise ensuite ne travaille que sur des objets genind.

[spoiler]

Code : Tout sélectionner


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en ligne ou 'help.start()' pour obtenir l'aide au format HTML.
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 "),"pop"])) as.factor(as.character(colortab[which(colortab$PlantColor== "gold   
Erreur dans is.factor(x) : objet 'colortab' introuvable
> source("preambule.r")
Le chargement a nécessité le package : ade4
   ==========================
    adegenet 1.4-2 is loaded
   ==========================

 - to start, type '?adegenet'
 - to browse adegenet website, type 'adegenetWeb()'
 - to post questions/comments: adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org


Le chargement a nécessité le package : combinat

Attachement du package : ‘combinat’

L'objet suivant est masqué from ‘package:utils’:

    combn

Le chargement a nécessité le package : gdata
gdata: read.xls support for 'XLS' (Excel 97-2004) files ENABLED.

gdata: read.xls support for 'XLSX' (Excel 2007+) files ENABLED.

Attachement du package : ‘gdata’

L'objet suivant est masqué from ‘package:stats’:

    nobs

L'objet suivant est masqué from ‘package:utils’:

    object.size

Le chargement a nécessité le package : gtools
Le chargement a nécessité le package : MASS
Le chargement a nécessité le package : mvtnorm


NOTE: THIS PACKAGE IS NOW OBSOLETE.



  The R-Genetics project has developed an set of enhanced genetics

  packages to replace 'genetics'. Please visit the project homepage

  at http://rgenetics.org for informtion.




Attachement du package : ‘genetics’

Les objets suivants sont masqués from ‘package:base’:

    as.factor, %in%, order

Le chargement a nécessité le package : ape

Attachement du package : ‘pegas’

L'objet suivant est masqué from ‘package:ape’:

    mst

L'objet suivant est masqué from ‘package:genetics’:

    haplotype

L'objet suivant est masqué from ‘package:ade4’:

    amova


 Converting data from a Genepop .gen file to a genind object...


File description:  Id, 

...done.


 Converting data from a genind to a genpop object...

...done.

 "),"pop"])) as.factor(as.character(colortab[which(colortab$PlantColor== "gold   
> ls()
[1] "colorsAttribut" "colortab"       "coordsAttribut" "dataSource"     "fstats"         "genpopData"     "locis"         
[8] "pops"           "repool2"       
> popf=pops
> pops
[1] 122GFCi119_02 230SCCi016_14 249SVCi030_22 319SMCi005_33
Levels: 122GFCi119_02 230SCCi016_14 249SVCi030_22 319SMCi005_33
> parpop <-  seppop(datas,popf,drop=TRUE)
Erreur dans seppop(datas, popf, drop = TRUE) :
  erreur d'évaluation de l'argument 'x' lors de la sélection d'une méthode pour la fonction 'seppop' : Erreur : objet 'datas' introuvable
> parpop <-  seppop(dataSource,popf,drop=TRUE)
> parpop
$`122GFCi119_02`

   #####################
   ### Genind object ###
   #####################
- genotypes of individuals -

S4 class:  genind
@call: .local(x = x, i = i, j = j, treatOther = ..1, quiet = ..2, drop = drop)

@tab:  172 x 157 matrix of genotypes

   #####################
- genotypes of individuals -

S4 class:  genind
@call: .local(x = x, i = i, j = j, treatOther = ..1, quiet = ..2, drop = drop)

@tab:  171 x 153 matrix of genotypes

@ind.names: vector of  171 individual names
@loc.names: vector of  24 locus names
@loc.nall: number of alleles per locus
@loc.fac: locus factor for the  153 columns of @tab
@all.names: list of  24 components yielding allele names for each locus
@ploidy:  2
@type:  codom

Optional contents:
@pop:  factor giving the population of each individual
@pop.names:  factor giving the population of each individual

@other: a list containing: elements without names


$`319SMCi005_33`

   #####################
   ### Genind object ###
   #####################
- genotypes of individuals -

S4 class:  genind
@call: .local(x = x, i = i, j = j, treatOther = ..1, quiet = ..2, drop = drop)

@tab:  171 x 161 matrix of genotypes

@ind.names: vector of  171 individual names
@loc.names: vector of  24 locus names
@loc.nall: number of alleles per locus
@loc.fac: locus factor for the  161 columns of @tab
@all.names: list of  24 components yielding allele names for each locus
@ploidy:  2
@type:  codom

Optional contents:
@pop:  factor giving the population of each individual
@pop.names:  factor giving the population of each individual

@other: a list containing: elements without names


> length(parpop)
[1] 4
> length(unique(pop(dataSource)))
[1] 43
> repool3 <- function(listegenind){
+ start=TRUE
+       for( i in listegenind ){
+               if (start){ result= i; start=FALSE}
+               result <- repool(result,i)
+   }
+ return(result)
+ }


> repool3(parpop)

   #####################
   ### Genind object ###
   #####################
- genotypes of individuals -

S4 class:  genind
@call: repool(result, i)

@tab:  857 x 194 matrix of genotypes

@ind.names: vector of  857 individual names
@loc.names: vector of  24 locus names
@loc.nall: number of alleles per locus
@loc.fac: locus factor for the  194 columns of @tab
@all.names: list of  24 components yielding allele names for each locus
@ploidy:  2
@type:  codom

Optional contents:
@pop:  factor giving the population of each individual
@pop.names:  factor giving the population of each individual

@other: - empty -

> dataSource

   #####################
   ### Genind object ###
   #####################
- genotypes of individuals -

S4 class:  genind
@call: read.genepop(file = "~/analyseDep/0data/allpop3.gen")

@tab:  685 x 194 matrix of genotypes

@ind.names: vector of  685 individual names
@loc.names: vector of  24 locus names
@loc.nall: number of alleles per locus
@loc.fac: locus factor for the  194 columns of @tab
@all.names: list of  24 components yielding allele names for each locus
@ploidy:  2
@type:  codom

Optional contents:
@pop:  factor giving the population of each individual
@pop.names:  factor giving the population of each individual

@other: - empty -