Fontion R pour GLM binomial négatif ?

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Ludmilla MARTIN
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Fontion R pour GLM binomial négatif ?

Messagepar Ludmilla MARTIN » 12 Déc 2014, 09:13

Bonjour à tous,

Afin de prendre en compte la composition spécifique de mes différents sites d'étude en variable dépendante, j'ai réalisé une analyse NMDS sur la matrice sites x espèces.

Je souhaiterai maintenant réaliser un GLM avec les coordonnées du premier axe comme variable dépendante qui varie donc entre -1 et 1 et mes différents facteurs.

Mon problème est que la fonction glmer que j'utilise habituellement ne prend pas en charge le binomial négatif....

Connaissez vous une autre fonction/ package qui pourrait prendre en charge ce type de variable ? Ou dois-je envisager une toute autre analyse (mais ça ça sort du cadre du forum je vous l'accorde...)?

Merci,

Cordialement,

Ludmilla

Ludmilla

Maxime Hervé
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Messagepar Maxime Hervé » 12 Déc 2014, 10:54

Bonjour,

depuis quelques temps il y a une fonction glmer.nb() dans le package lme4, qui est dédiée aux GLMMs avec une loi binomiale négative. C'est un peu comme glm() et glm.nb().

Maxime

dicko ahmadou
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Messagepar dicko ahmadou » 12 Déc 2014, 12:33

Il y a aussi le package glmmADMB pour les modèles mixtes et la fonction glm.nb du package MASS pour des modèles sans effets aléatoires.
The best thing about being a statistician is that you get to play in everyone's backyard.
John Tukey

Florent Aubry
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Messagepar Florent Aubry » 12 Déc 2014, 12:50

Il y a aussi la fonction vglm du package VGAM pour les modèles sans effets aléatoires.

Renaud Lancelot
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Messagepar Renaud Lancelot » 14 Déc 2014, 11:53

Et la fct aodml dans le pkg aods3 ;-)
Renaud

Ludmilla MARTIN
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Messagepar Ludmilla MARTIN » 15 Déc 2014, 14:17

Bonjour,

Etant dans un modèle avec effet aléatoire, je me suis donc concentrée dans un premier temps sur la fonction glmer.nb de lme4.
Mais je ne comprends pas du tout comment implémenter la ligne de code. Voici ce que j'ai fait :

global.model= glmer.nb(nmds1~area+age+nnd+F100+ppt+pptwar, (1|window)+(1|patch),family= binomial, data=data3)

Avec ma variable à expliquer nmds1 variant de -1 à 1.

Dans un premier temps, je ne comprends pas ce qu'il faut mettre dans "family". Ce n'est pas du binomial classique et en même temps avec mes valeurs négatives notamment, ce n'est pas du poisson non plus.

Ensuite, dans la description de la fonction, je n'arrive pas à comprendre à quoi correspondent "interval" et "verbose".

Merci pour votre aide

Ludmilla

Ludmilla MARTIN
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Messagepar Ludmilla MARTIN » 15 Déc 2014, 15:37

Pour plus de précisions, voilà ce que je viens d'essayer :

[global.model.nmds1 = glmer.nb(nmds1~area+age+nnd+F100+ppt+pptwar+ (1|region/window_ty+(1|patch),interval=log(th)+c(-3,3),verbose=F,data=data3)]

Ce qui me donne le message d'erreur suivant :
Error in eval(expr, envir, enclos) :
negative values not allowed for the 'Poisson' family

...que je ne comprends pas du tout vu que j'utilise exprès la fonction glmer.nb parceque j'ai du binomial négatif et non du poisson.

Je suis un peu perdue du coup...[/code]

Maxime Hervé
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Messagepar Maxime Hervé » 15 Déc 2014, 16:13

Bonjour,

en fait la fonction glmer.nb() (qui ne fait que du GLMM avec loi binomiale négative, d'où son nom) commence par fitter un modèle avec une loi de Poisson, dont elle a besoin pour calculer le paramètre de dispersion de la loi binomiale négative. C'est la même chose avec glm.nb() dans le cas où on ne donne pas de valeur a priori pour ce paramètre.

Quant à l'erreur, elle est assez explicite : les GLM(M)s avec loi de Poisson ou binomiale négative ne peuvent être utilisés qu'avec des données positives ou nulles (et entières). Du comptage en fait.

Maxime


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