une petite mise en contexte avant toute chose :
je travaille à l'échelle d'une ville que j'ai séparé en maille (1536 mailles) au sein desquelles j'ai des observations de faune et de flore (beaucoup d'observations, et d'espèces différentes). j'ai utilisé le package vegan pour calculer divers indices de biodiversité (shannon, simpson, hill, d'équitabilité (piélou) et maintenant je souhaite comparer mes mailles entre elle (diversité beta avec jaccard, sorensen ou autre).
j'ai vu qu'avec le package vegan on peut utiliser la fonction : vegdist
et pour le package ade4 on trouve dist.binary
étant donnée que ma matrice comporte beaucoup d'espèces j'ai beaucoup de "0" par maille
La double absence d'une espèce ne doit pas être interprétée comme une ressemblance entre deux relevés. c'est pourquoi les indices asymétriques (jaccard, sorensen) ne tiennent pas compte de cette double absence, contrairement au indice symétrique qu'il faudra donc éviter ici.
ensuite j'ai commencé à faire des tests avec une matrice fictive pour voir comment cela fonctionnait :
Code : Tout sélectionner
test<-read.table("test.txt", h= T)
test
# avec vegan:
jac<-vegdist(test, method="jaccard", binary=TRUE)
jac
# avec ade4
jac <- dist.binary(test,method=1)
jac
soren <- dist.binary(test,method=5)
soren
ça donne :
le problème arrive quand je le fait sur ma matrice complète ; j'obtiens le message suivant :
[ getOption("max.print") est atteint -- 203 lignes omises ]
et la matrice ne donne que les mailles avec aucune valeur d'indicateur.
j'imagine que ma matrice est trop grande, y a t'il une solution ? j'ai cherché ??max.print mais rien ne sors.
merci pour l'aide !