Ordination : quelle méthode utiliseriez-vous ?

Postez ici vos questions, réponses, commentaires ou suggestions - Les sujets seront ultérieurement répartis dans les archives par les modérateurs

Modérateur : Groupe des modérateurs

Caroline Bernadet
Messages : 4
Enregistré le : 19 Fév 2014, 23:54

Ordination : quelle méthode utiliseriez-vous ?

Messagepar Caroline Bernadet » 09 Sep 2015, 21:49

Bonjour,
j'ai besoin d'aide pour des données d'écologie à analyser.
J’ai des relevés faunistiques (à 11 dates) et des mesures de paramètres environnementaux (pH, Température, etc... seulement pour 2 dates) pour 6 plans d'eau.
J'ai aussi des variables telles que "la distance à l'industrie" pour voir l'éventuel impact de cette activité sur la composition des communautés.
Je dois dégager les patrons de distribution des taxons, identifier les facteurs environnementaux intervenant dans cette distribution, dégager des groupes de plans d'eau qui partagent des caractéristiques communes, et si possible mettre en évidence un effet de l'activité industrielle proche.


MA DEMARCHE :
1. J’ai fait une ACP préliminaire sur la matrice faune pour voir si je pouvais faire abstraction de l’effet saison, mais a priori il faut considérer ce facteur (cf. résultats dans le .ppt ci-joint)
2. J’ai fait une DCA sur la matrice faune pour analyser mes gradients. L’analyse révèle que les axes sont courts (le plus long : 2.41 ; inférieur à 3).
3. Je partirai donc sur une méthode d’ordination linéaire : RDA, en incluant les données des deux saisons pour lesquelles j'ai la chimie complète. Puis test de Monte Carlo et clustering (algorithme de Ward)

Et vous, que feriez-vous comme analyses ?
Sachant que :
- Mon jeu de données est très petit : je n’ai que 6 plans d'eau (échantillonnées 11 fois pour la faune, mais seulement 2 fois pour la chimie). Peut-être devrais-je me contenter d'ACP ??
- Il y a visiblement un effet saison à ne pas négliger, mais quelle méthode d'ordination serait la plus appropriée pour considérer ce facteur qualitatif ?
- Aussi, certaines variables environnementales, telles que "la distance à la zone indus" ont des valeurs en double dans la matrice pour un même plan d'eau (la distance reste inchangée d'une saison à l'autre pour un même plan d'eau). Cela peut-il impacter mes analyses ?

Pour le moment, mes tableaux de données ressemblent à ça (matrice faune+ matrice environnement+le plan)
[url]http://uprapide.com/1020390-tableaux_2]Image[/url]

J'aimerais connaitre la démarche que vous adopteriez.
Par avance merci pour vos réponses,
Caroline

Nicolas Péru
Messages : 1408
Enregistré le : 07 Aoû 2006, 08:13

Re: Ordination : quelle méthode utiliseriez-vous ?

Messagepar Nicolas Péru » 10 Sep 2015, 05:51

Bonjour,

Tu ne tombes pas dans les objectifs de ce forum qui se voue exclusivement à l’utilisation de R et non à du conseil en stat.
Donc pose ta question sur un forum dédié aux stats et revient ici si tu as des questions concernant la mise en oeuvre des stats sous R.

Bien à toi

Nicolas

Caroline Bernadet
Messages : 4
Enregistré le : 19 Fév 2014, 23:54

Re: Ordination : quelle méthode utiliseriez-vous ?

Messagepar Caroline Bernadet » 10 Sep 2015, 14:13

Ah mince! Je reviendrai plus tard quand j'aurai ma démarche. Merci


Retourner vers « Questions en cours »

Qui est en ligne

Utilisateurs parcourant ce forum : Google [Bot] et 1 invité