Transformer un objet en dataframe pour hierfstat

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Baye Magatte Diop
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Transformer un objet en dataframe pour hierfstat

Messagepar Baye Magatte Diop » 09 Nov 2015, 15:14

Bonjour,
j'ai un objet "x" issu d'un package Rsagacity du type ci-dessous:
> head(x)
DATASET ACCESSION_ID GERMPLASM_ID LOCUS ALLELE AMOUNT
1 Fonio_Sen_2014 SEN2013_G02_NA_F_A01 G02_NA_F_A01_Ger01 De-14 188 1
2 Fonio_Sen_2014 SEN2013_G02_NA_F_A01 G02_NA_F_A01_Ger01 De-15 227 1
3 Fonio_Sen_2014 SEN2013_G02_NA_F_A01 G02_NA_F_A01_Ger01 De-36 190 1
4 Fonio_Sen_2014 SEN2013_G03_02_F_A01 G03_02_F_A01_Ger01 De-05 235 1
5 Fonio_Sen_2014 SEN2013_G03_02_F_A01 G03_02_F_A01_Ger01 De-07 223 1
6 Fonio_Sen_2014 SEN2013_G03_02_F_A01 G03_02_F_A01_Ger01 De-14 220 1
les fonctions que je dois utiliser dans hierfstat prennent des dataframes du type: population en ligne (comme Dataset, Accession_ID ou Germplasm) et locus en colonne.
la colonne locus contient le nom des locus, la colonne Allele contient la taille pour chaque locus, Amount contient des valeurs 1(pour homozygote) et 0.5(hétérozygote).
le fichier est long et complexe et depuis des jours je me cogne la tête entre Adegenet, pegas, hierfstat et le réseau sans trouvé réponse satisfaisante.
Merci pour l'aide

Baye

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