Co-inertie sur deux AFC

Postez ici vos questions, réponses, commentaires ou suggestions - Les sujets seront ultérieurement répartis dans les archives par les modérateurs

Modérateur : Groupe des modérateurs

Anne-Kristel Bittebiere
Messages : 11
Enregistré le : 07 Fév 2011, 22:57

Co-inertie sur deux AFC

Messagepar Anne-Kristel Bittebiere » 27 Jan 2016, 20:42

Bonjour,

je souhaiterais savoir s'il est possible de réaliser une analyse de co-inertie à partir de deux AFC via le package ade4 ?
Je trouve pleins d'exemples de couplage de tableaux par co-inerties basées sur des AFC-ACP ou AFC-ACM mais pas AFC-AFC. Or, il se trouve que mes deux tableaux correspondent à des données d'occurrences (0-1). Il me semble donc que l'AFC est l'analyse la plus appropriée dans les deux cas.

Je sais que lorsqu'on fait une co-inertie AFC-ACP, il faut pondérer le poids des lignes de l'ACP par celui de l'AFC en utilisant l'argument row.weight=afc$lw dans la fonction dudi.pca. Quand j'essaye de faire pareil au moment de réaliser ma 2e AFC avec la fonction dudi.coa, R me donne un message d'erreur disant que l'argument row.weight n'est pas utilisé. Si je le supprime, c'est au moment de la co-inertie que ça bloque : R dit que le poids des lignes des deux analyses n'est pas identique.

Donc voilà, est-ce que quelqu'un a déjà réalisé une co-inertie AFC-AFC et si oui comment ?

Merci d'avance pour vos réponses.
Anne-Kristel

Logez Maxime
Messages : 3138
Enregistré le : 26 Sep 2006, 11:35

Re: Co-inertie sur deux AFC

Messagepar Logez Maxime » 27 Jan 2016, 21:46

Bonjour,

Ici la question est presque plus d'ordre statistique que technique. Dans une AFC tu ne peux pas imposer le poids des lignes puisque ceux-ci sont équivalents à la somme des effectifs obtenus pour chaque ligne, divisée par le nombre totaux d'individus. Donc si tu n'as pas les mêmes effectifs en ligne tu ne peux pas avoir les mêmes poids et par conséquent tu ne peux pas faire de coinertie entre tes deux AFC.

Concernant les analyses multivariées disponible dans le package ade4, je t'invite grandement à regarder si la question n'a pas déjà été posée sur l'adelist et le cas échéant à la poser.

Cordialement,
Maxime

Logez Maxime
Messages : 3138
Enregistré le : 26 Sep 2006, 11:35

Re: Co-inertie sur deux AFC

Messagepar Logez Maxime » 28 Jan 2016, 09:05

Re,

en fait il semble possible de faire ce genre d'analyse mais en dehors du package ade4.
Je t'invite à regarder l'aide de cette fonction qui renvoi vers de la bilbio.
http://bioinf.ucd.ie/people/aedin/R/pages/made4/html/dudi.rwcoa.html

Cordialement,
Maxime

Anne-Kristel Bittebiere
Messages : 11
Enregistré le : 07 Fév 2011, 22:57

Re: Co-inertie sur deux AFC

Messagepar Anne-Kristel Bittebiere » 28 Jan 2016, 12:09

Bonjour,

merci beaucoup pour ta réponse. Je vais regarder cela de plus près.
Bonne journée,

Anne-Kristel

Anne-Kristel Bittebiere
Messages : 11
Enregistré le : 07 Fév 2011, 22:57

Re: Co-inertie sur deux AFC

Messagepar Anne-Kristel Bittebiere » 28 Jan 2016, 13:59

Re-bonjour,

navrée d'abuser. Je viens de tester la procédure et me trouve bloquée par le message suivant de R : impossible de trouver la fonction "dudi.rwcoa". Or j'ai pourtant bien installé puis charger (library()) le package made4 dans lequel je suis sensée trouver la fonction.
J'ai tenté de réinstaller R au cas où il s'agirait d'un problème de version mais rien n'y fait.
D'où cela peut-il venir ?

Merci d'avance !
Anne-Kristel

Logez Maxime
Messages : 3138
Enregistré le : 26 Sep 2006, 11:35

Re: Co-inertie sur deux AFC

Messagepar Logez Maxime » 28 Jan 2016, 14:21

Bonjour,

tu as bien respecté la procédure d'installation ? Est-ce que tu as une version ancienne de R ?

Code : Tout sélectionner

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("made4")
Cordialement,
Maxime

Pierre Bady
Messages : 405
Enregistré le : 02 Mai 2006, 07:46

Re: Co-inertie sur deux AFC

Messagepar Pierre Bady » 28 Jan 2016, 17:17

Hello,

il faut faire attention avec made4. On peut faire des COA sur des nombres negatifs avec la fonction ord :)
Pour une coinertie entre deux COA voir le package cocorresp
On peut également calculer un poid moyenne des lignes basées sur les deux COA, et le réimposer aux deux analyses.
il me semble que c'est grosso merdo ce qui est fait dans cocorresp (à vérifier quand même?)

HTH

pierre
=@===--------¬-------¬------¬-----¬
liens utiles :
http://www.gnurou.org/Writing/SmartQuestionsFr
http://neogrifter.free.fr/welcomeOnInternet.jpg
]<((((*< -------------------------------

Anne-Kristel Bittebiere
Messages : 11
Enregistré le : 07 Fév 2011, 22:57

Re: Co-inertie sur deux AFC

Messagepar Anne-Kristel Bittebiere » 28 Jan 2016, 17:32

Re-bonjour,

j'ai exactement suivi la procédure d'installation du package made4 que tu indiques Maxime et comme je disais, j'ai désinstallé puis réinstallé une version plus récente de R au cas où. Le problème ne vient apparemment pas de là.

Je vais tester le package que tu proposes sinon Pierre, en espérant ne plus vous embêter.

Merci encore pour vos réponses.
Anne-Kristel


Retourner vers « Questions en cours »

Qui est en ligne

Utilisateurs parcourant ce forum : Aucun utilisateur enregistré et 1 invité