En utilisant la fonction dist.binary pour calculer les coef de Jaccard entre chaque colonne de ce tableau :
Code : Tout sélectionner
1-10 11-20 21-30 31-40 41-50 51-60 61-70 71-80 81-90 91-100
Plantago coronopus 3 1 2 4 1 2 6 2 4 8
Sagina maritima 1 1 2 1 0 0 0 3 0 0
Daucus carota 1 2 0 1 0 0 0 0 0 0
Hypochoeris radicata 0 0 0 1 0 0 1 0 2 0
Agrostis stolonifera 0 1 0 0 0 0 0 0 2 0
Spergularia rupicola 0 0 1 0 0 0 0 1 1 0
Cochlearia danica 0 0 1 1 0 1 0 0 0 0
Parapholis cf strigosa 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1
Holcus lanatus 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0
Cynodon dactylon 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0
Radiola linoides 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
Lotus corniculatus 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0
Je tombe sur des résultats que je ne comprend pas (qui ne correspondent pas à ce que je calcul avec : nombre d'especes communes/nombre d'especes totales) :
Code : Tout sélectionner
> Jaccard<-dist.binary(t(groupes), method=1)
> Jaccard
1-10 11-20 21-30 31-40 41-50 51-60 61-70 71-80 81-90
11-20 0.6546537
21-30 0.8660254 0.8819171
31-40 0.7905694 0.8164966 0.7905694
41-50 0.8944272 0.9128709 0.8944272 0.9128709
51-60 0.9128709 0.9258201 0.7745967 0.8164966 0.7071068
61-70 0.9128709 0.9258201 0.9128709 0.8164966 0.7071068 0.8164966
71-80 0.8164966 0.8451543 0.6324555 0.8451543 0.8164966 0.8660254 0.8660254
81-90 0.9354143 0.8660254 0.8451543 0.8660254 0.8660254 0.8944272 0.7071068 0.7745967
91-100 0.7745967 0.9258201 0.9128709 0.9258201 0.7071068 0.8164966 0.8164966 0.8660254 0.8944272
Ici les 3 premières valeurs de la premiere colonne devraient être : 0.57; 0.25 et 0.375
Quelqu'un aurait une explication svp ?
Encore une fois la solution sera toute bête je suppose et je m'en excuse par avance.
Merci encore à ce forum qui m'aura apporter énormément d'aide pour mes études !