comparaisons multiples non exhaustives après ANOVA

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Lorraine Bauer
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comparaisons multiples non exhaustives après ANOVA

Messagepar Lorraine Bauer » 28 Mar 2016, 14:56

Bonjour,
J'ai un souci avec les comparaisons post hoc après avoir réalisée une ANOVA mixte qui comporte un facteur A en inter sujet et un facteur B en intra sujet.
- Le facteur A (le sexe) comporte 2 niveaux : Homme ; Femme.
- Le facteur B (le temps) comporte 4 niveaux t1 ; t2 ; t3 ; t4.
Il s'agit d'une expérience de psychologie où on demande à des hommes vs des femmes, de détecter des cibles sur un écran à quatre moments différents. On mesure en réponse la vitesse de détection en secondes.

Mon modèle est de ce type : aov(reponse~FacteurA*FacteurB + Error(Sujet/FacteurB )). Le facteur A est significatif et le facteur B aussi. L'interaction n'est pas significative.
J'ai réalisé des comparaisons multiples exhaustives avec pairwise.t.test() dans chacun des niveau de A (le sexe) pour vérifier où étaient les différences significatives entre les niveaux du facteur B : t1 - t2 ; t1 -t3 ; ....etc. Ici pas de problème car toutes les comparaisons possibles ont du sens.

C'est ensuite que j'ai un souci, je voudrais tester 4 comparaisons seulement entre les hommes et les femmes : H vs F pour t1 ; H vs F pour t2 ; H vs F pour t3 et H vs F pour t4. Je ne m'intéresse qu'à ces quatre comparaisons car les autres n'ont aucun sens. Comment faire ? J'ai regardé pas mal de choses (dont le package multcomp), mais je n'ai rien trouvé. Quelqu'un a-t-il une solution simple à me passer ?
Merci d'avance de votre attention ;)
Lorraine

Florent Aubry
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Re: comparaisons multiples non exhaustives après ANOVA

Messagepar Florent Aubry » 29 Mar 2016, 11:51

Utiliser pairwise.t.test() ne permet pas de faire des tests post-hoc sur le résultat de aov, d'autant qu'il ne faut pas oublier de corriger des comparaisons multiples. De plus, lsmeans n'est pas utilisable avec aov dont la formule contient un terme d'erreur. Le meilleur moyen de contourner ce problème est d'utiliser un modèle mixte.

Stéphane Adamowicz
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Re: comparaisons multiples non exhaustives après ANOVA

Messagepar Stéphane Adamowicz » 29 Mar 2016, 12:59

Bonjour,

Qu'attendez vous de la comparaison d'interactions en post hoc, alors que l'anova déclare l'interaction non significative ?

Stéphane
Stéphane Adamowicz
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Lorraine Bauer
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Re: comparaisons multiples non exhaustives après ANOVA

Messagepar Lorraine Bauer » 29 Mar 2016, 13:18

Florent Aubry a écrit :Utiliser pairwise.t.test() ne permet pas de faire des tests post-hoc sur le résultat de aov, d'autant qu'il ne faut pas oublier de corriger des comparaisons multiples. De plus, lsmeans n'est pas utilisable avec aov dont la formule contient un terme d'erreur. Le meilleur moyen de contourner ce problème est d'utiliser un modèle mixte.


Oui, je sais que pairwise.t.test() ne prend pas les résultat de l'anova en argument, je pensais toutefois que l'on pouvait faire cela malgré tout. Je vais voir ce que cela donne avec un modèle mixte. Merci de votre réponse.

Lorraine Bauer
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Re: comparaisons multiples non exhaustives après ANOVA

Messagepar Lorraine Bauer » 29 Mar 2016, 13:21

Stéphane Adamowicz a écrit :Bonjour,

Qu'attendez vous de la comparaison d'interactions en post hoc, alors que l'anova déclare l'interaction non significative ?

Stéphane


Oui, je comprends votre interrogation, mais n'y a-t-il pas possibilité pour que le facteur sexe ait un effet global avec une seule comparaison par exemple non significative sans pour autant avec une interaction non significative ?

Stéphane Adamowicz
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Re: comparaisons multiples non exhaustives après ANOVA

Messagepar Stéphane Adamowicz » 29 Mar 2016, 13:32

Non.

L'interaction non significative signifie que votre jeu de données ne permet pas de dire que le facteur temps diffère selon le sexe, ni que le facteur sexe diffère selon le temps. À partir de là, l'analyse s'arrête.

Stéphane
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Lorraine Bauer
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Re: comparaisons multiples non exhaustives après ANOVA

Messagepar Lorraine Bauer » 29 Mar 2016, 14:02

Stéphane Adamowicz a écrit :Non.

L'interaction non significative signifie que votre jeu de données ne permet pas de dire que le facteur temps diffère selon le sexe, ni que le facteur sexe diffère selon le temps. À partir de là, l'analyse s'arrête.

Stéphane


Merci de votre réponse, vous avez évidemment raison, plus j'y pense, plus je me dis que m'a question était bête :) Si l'interaction est non significative, la question ne se pose même pas ! Merci d'avoir pris le temps de me répondre. Quand on a la tête dans le guidon, quelque fois, on ne voit plus rien du tout !
A bientôt

Loic Vuillemenot
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Re: comparaisons multiples non exhaustives après ANOVA

Messagepar Loic Vuillemenot » 02 Mai 2017, 05:15

Bonjour,

Je me permet de revenir sur votre discussion (Aussi vieille soit-elle) pour mon cas,

Je suis dans un cas ou pour ma part j'ai bien une difference significative entre mes deux facteurs apres une anova a 2 facteurs.



Mon etude est sur une reponse a differents traitements de fruits et legumes. Les variables mesurees sont multiples (fermete, acide, sucre, couleur, etc)

Mes facteurs sont donc: Facteur 1 = Traitement et Facteur 2 = Les releves (qui correspondent plus simplement a des temps de conservation apres les traitement car pour chaque traitement j'ai fait 4 releves a differents temps apres traitement.

J'ai donc 12 Traitements multiplies par 4 releves par traitement (ce qui fait beaucoup)


Comme je l'ai dis plus haut j'obtiens une difference significative entre mes traitements, entre mes releves et aussi dans la relation traitements*releves pour certaines des variables comme la fermete par exemple.


Maintenant ma question est la suivante: Comment obtenir mes comparaisons multiples entre chaque traitement*releves

Je suis plutot debutant sur R et donc j'ai beaucoup cherche sur internet. Mais la methode de tuckey, on trouve de tout et n'importe quoi dans les explications et j'ai l'impression qu'elle est utilisee principalement sur les anova a 1 facteurs.


J'ai effectue la methode des Least Squares Means comme ceci:

LSM<-lsmeans(AnovaFirmness,~Treatment:Assessment)

contrast(LSM,"pairwise")

Avec AnovaFirmness mon anova precedente et mes 2 facteurs ensuite


J'obtiens bien une comparaison par paire entre tous les releves de tous les traitements. Mais je sais que mes moyennes sont modifiees par la regression de Least Square Means.

Comment donc obtenir un resultat similaire sans avoir besoin de passer par la LSM??


J'espere avoir ete assez claire et desole pour le manque d'accent. Actuellement en Australie les claviers en sont depourvus.


En esperant une reponse merci d'avance de votre aide...

Eric Wajnberg
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Re: comparaisons multiples non exhaustives après ANOVA

Messagepar Eric Wajnberg » 02 Mai 2017, 10:01

Loic Vuillemenot a écrit :Mais la methode de tuckey, on trouve de tout et n'importe quoi dans les explications et j'ai l'impression qu'elle est utilisee principalement sur les anova a 1 facteurs.

Non, une procédure de Tukey peut être appliquée sur des modèles plus élaborés que des ANOVA à 1 facteur, y compris sur des modèles avec interactions. Par exemple, la fonction TukeyHSD() accepte n'importe quel modèle d'ANOVA comme argument.

Notez que votre question est un problème de statistique, non un problème sur l'usage du logiciel R. Vous êtes donc sensiblement hors-sujet sur ce forum.

Cordialement, Eric.

Loic Vuillemenot
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Re: comparaisons multiples non exhaustives après ANOVA

Messagepar Loic Vuillemenot » 02 Mai 2017, 23:19

Pourtant lorsque je lance le test de Tukey sur mon modele Anova a deux facteurs je recois ce message: [7] ERROR:
no applicable method for 'TukeyHSD' applied to an object of class "lm"

Mais lorsque je le lance sur un modele anova a 1 facteur (J'ai essayer seulement avec le facteur traitement par exemple) dans ce cas cela fonctionne sans probleme...


Tres bien. Excusez moi du derangement si je suis hors sujet...

Eric Wajnberg
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Re: comparaisons multiples non exhaustives après ANOVA

Messagepar Eric Wajnberg » 03 Mai 2017, 04:40

Et si vous ajustez votre modèle d'ANOVA avec aov() ou glm(), vous obtenez le même problème ?

Eric.

Loic Vuillemenot
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Re: comparaisons multiples non exhaustives après ANOVA

Messagepar Loic Vuillemenot » 04 Mai 2017, 00:13

Non pas de probleme j'ai fini par l'obtenir en ajustant avec aov.

Merci pour votre temps et les renseignements sur l'autre question.


Cordialement,

Loic Vuillemenot


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