Coinertie, randtest avec p-value NaN

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Victor Cazalis
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Coinertie, randtest avec p-value NaN

Messagepar Victor Cazalis » 11 Avr 2016, 09:25

Bonjour,

J'ai fait une coinertie entre une AFC sur des données d'oiseaux et une ACP sur des variables du milieu (avec les sites pondérés par rapport à l'AFC). La coinertie fonctionne je pense puisqu'aucun message d'erreur ne s'affiche. Par contre quand je fais un randtest derrière pour voir si la coinertie est significative, voilà ce qui s'affiche :

Code : Tout sélectionner

> randtest(Coi)
Warning: non uniform weight. The results from simulations
are not valid if weights are computed from analysed data.
Monte-Carlo test
Call: randtest.coinertia(xtest = Coi)

Observation: 0.4133199

Based on 999 replicates
Simulated p-value: NA
Alternative hypothesis: greater

    Std.Obs Expectation    Variance
        NaN         NaN          NA


Avez vous une idée de ce qui pose problème, c'est surement une question de pondération des lignes mais je ne vois pas pourquoi

Si besoin vous pouvez trouver sur ce lien mon script et les deux fichiers de données :https://drive.google.com/folderview?id=0B6iZYMPSBZP_WEJaaTdmalZqRms&usp=sharing

Le script fonctionne, il faut juste préciser le nombre d'axes choisis pour la coinertie (pas besoin pour l'AFC et l'ACP)

Merci beaucoup, Victor

Nicolas Péru
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Re: Coinertie, randtest avec p-value NaN

Messagepar Nicolas Péru » 12 Avr 2016, 07:07

Bonjour,

Pour réaliser une Co-inertie à partir d'une AFC et d'une ACP, il faut utiliser les poids des lignes de l'AFC pour élaborer l'ACP.

Code : Tout sélectionner

AfC <- dudi.coa(dataAFC)
PcA <- dudi.pca(dataPCA,row.w=AfC$lw)
coin <- coinertia(AfC,PcA)


Nicolas

Victor Cazalis
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Re: Coinertie, randtest avec p-value NaN

Messagepar Victor Cazalis » 12 Avr 2016, 08:36

Bonjour,

Merci pour votre réponse, j'avais bien pondéré au moment de l'ACP :

Code : Tout sélectionner

acp<-dudi.pca(occsol,scannf=FALSE,nf=2,row.w=afc$lw)


Du coup la coinertie fonctionne (dans le sens où elle ne renvoie pas de message d'erreur). C'est au moment du randtest que le problème arrive et qu'il me dit que les poids ne sont pas uniformes...

Nicolas Péru
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Re: Coinertie, randtest avec p-value NaN

Messagepar Nicolas Péru » 12 Avr 2016, 12:28

ok j'avais pas téléchargé ton script, j'ai répondu un peu vite.

Comme les poids sont modifiés par ceux de l'AFC il faut fixer les poids pour une table dans le processus de permutation.

Du coup ça donne :

Code : Tout sélectionner

Coi=coinertia(afc,acp)
randtest(Coi, fixed=1)

fixed est mis à 1 car tu as entré l'afc en première dans la fonction coinertia.

Nicolas

Victor Cazalis
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Re: Coinertie, randtest avec p-value NaN

Messagepar Victor Cazalis » 12 Avr 2016, 12:32

Merci beaucoup c'est super ! Je vais essayer de retenir ça !


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