LDA avec mise en forme

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Jonathan Salaün
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LDA avec mise en forme

Messagepar Jonathan Salaün » 24 Avr 2016, 01:02

Bonjour

Alors je tiens à préciser tout de suite que je suis un débutant total sur R et que je n'ai aucune notion de codage ; donc n'hésitez pas à faire preuve d'indulgence si certaines de mes questions paraissent bêtes :)

Donc voilà après avoir réussi à sortir mes premiers graphiques grâce à R via des codes "tout fait" que j'ai trouvé dans un bouquin, je souhaiterai leur donner une présentation plus soignée. J'ai donc commencé à m'attaquer à ce code pour une LDA :

library(ggplot2); library(grid); library(MASS)
Doc.lda <- lda(Doc, Region)
Doc.ld <- data.frame(predict(Doc.lda)$x[,1:2])
Region <- data.frame(as.factor(Region))
df <- cbind(Doc.ld, Region); names(df) <- c("X1", "X2", "Region")
Doclda <- ggplot(df, aes(x = X1, y = X2, shape=Region, colour = Region), size = 3) +
geom_point() + stat_ellipse() + coord_fixed() +
xlab("first discriminant function") +
ylab("second discriminant function")
Doclda

où Doc correspond à ma matrice de données et Région au label de mes groupes. Sauf que voilà une erreur apparaît et je n'ai aucune idée de ce qu'elle signifie et donc de comment la corriger (la 2de erreur semblant découler de la 1ère, sa résolution suivra celle de la 1ère) :

library(ggplot2); library(grid); library(MASS)
Doc.lda <- lda(Doc, Region)
Doc.ld <- data.frame(predict(Doc.lda)$x[,1:2])
Error in predict(Doc.lda)$x[, 1:2] : indice hors limites
Region <- data.frame(as.factor(Region))
df <- cbind(Doc.ld, Region); names(df) <- c("X1", "X2", "Region")
Error in cbind(Doc.ld, Groupe) : objet 'Doc.ld' introuvable
Doclda <- ggplot(df, aes(x = X1, y = X2, shape=Region, colour = Region), size = 3) +
geom_point() + stat_ellipse() + coord_fixed() +
xlab("first discriminant function") +
ylab("second discriminant function")
Doclda

J'ai bien évidemment cherché sur le net et sur ce forum mais n'ai rien trouvé de semblable. Est-ce que ça aurait un lien avec le fait que mes données n'ont pas le même nombre de variables ni d'échantillons que celles données en modèle ? ça ne devrait pas venir non plus des packages vu que j'ai bien vérifié les avoir DL.

Voilà si quelqu'un a une petite idée de ce qui pourrait bloquer ça m'aiderait beaucoup !

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