pca ade4 colorier par colomne

[remy saurat]

Bonjour,

J'ai un jeu de donnée avec mes espèces (coleoptere) en ligne et mes zones en colomne de type :

A1 A2 A3 etc...
Ips_typographus 0 2 1...
Pytho_depressus 1 0 0...
Ipidia_binotata 0 0 1...
etc...

Je souhaiterais, lorsque je plot mon acp via dudi.pca, de pouvoir colorier les espèces selon la colonne à laquelle ils appartiennent. J'ai essayé avec d'autres packages mais sans succès

Amicalement
rs

[Mickael Canouil]

Bonjour,

si vous tracer votre graphique via la fonction s.class du package ade4, vous pouvez définir les couleurs des "classes" via l'argument "fac".
Il s'agira ici de définir votre variable comme une variable factorielle ayant pour valeur le nom de la colonne par exemple.

Code : Tout sélectionner

dta <- read.table(text = "A1 A2 A3
Ips_typographus 0 2 1
Pytho_depressus 1 0 0
Ipidia_binotata 0 0 1")

group <- as.factor(apply(dta, 1, which.max))

Si l'on admet que la colonne d'appartenance est la colonne avec la plus grande valeur.

[remy saurat]

Je ne maitrise pas bien la fonction s.class mais il me semble la fonction fac ne sert-elle pas à partitionner des lignes (groupées) en classe ?

Si oui, cela ne m'interesse pas

Code : Tout sélectionner

               A1  A2  A3  A4  A5  A6  B7  B8      etc...
Ips            0    2    1    0     0    0   3    1...
Pytho          1    0    0    0     0    0   2    0...
Ipidia         0    1    0    0     0    0   0    0...
Melandrya      0    0     0    0    2    0   0   0...

Ce que je veux dire, c'est que j'aimerai colorier les coordonnées, sur le plot de l'acp, de mes espèces (se trouvant en ligne) en fonction de leur présence ou non dans les colonnes (mes échantillons).
Donner une couleur par colonne, ex : A1 = bleue A2 = vert etc...

Cordialement

[Mickael Canouil]

Ce que vous appelez "plot de l'acp" est la représentation de vos données sur les composantes principales, si oui s.class permet donc de faire ce graphique.

Vous souhaitez colorez vos espèces selon la "colonne d'appartenance", nous pouvons donc assimiler ceci à une classe, ce à quoi répond l'argument "fac" de s.class

Voici un exemple complétement bidon:

Code : Tout sélectionner

library(ade4)
data(deug)
dta <- deug$tab

## Création des noms d'espèces pour les noms de lignes
rownames(dta) <- paste0("Species", sprintf("%0.3d", seq_len(nrow(dta))))

### Création d'une table d'appartenance avec les espèces en lignes
tabAppartenance <- table(rownames(dta), cut(seq_len(nrow(dta)), 3))

### Création de la variable d'appartenance à une colonne
groups <- as.factor(apply(tabAppartenance, 1, which.max))

### Réalisation de l'acp
deug.dudi <- dudi.pca(dta, scale = FALSE, scan = FALSE)

### Représentation de l'ACP  (premier plan factoriel) avec coloration selon la variable d'appartenance à la colonne
s.class(deug.dudi$li, fac = groups, cstar = 0, cellipse = 0, col = rainbow(length(unique(groups))), clabel = 0)

[remy saurat]

Bonjour,

Merci du coup de main.

Cordialement