relevel() et lmer(), problème de choix de témoin

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Marine Duperat
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relevel() et lmer(), problème de choix de témoin

Messagepar Marine Duperat » 08 Juil 2016, 11:31

Bonjour à tous,

j'ai un petit soucis, j'aimerais faire tourner lmer() comme indiqué ci-dessous, pour cela je choisi mon "temoin" avec relevel() comme suit :

Code : Tout sélectionner

> Lmoy$TravSol <- relevel(Lmoy$TravSol, ref = "non")
> Lmoy$Apport <- relevel(Lmoy$Apport, ref = "aucun")
> Lmoy$Essence <- relevel(Lmoy$Essence, ref = "Douglas")


Puis j'entre ma ligne de code :

Code : Tout sélectionner

> by(Lmoy, Lmoy$Essence, function(Y){
+ lmerL<-lmer(L.mean~date+ TravSol +Apport + date:TravSol:Apport +(1|plac), data=Y)
+ summary(glht(lmerL)) })


Et R me sort de jolis résultats :

Code : Tout sélectionner

Lmoy$Essence: Douglas

         Simultaneous Tests for General Linear Hypotheses

Fit: lmer(formula = L.mean ~ date + TravSol + Apport + date:TravSol:Apport +
    (1 | plac), data = Y)

Linear Hypotheses:
                                    Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)
(Intercept) == 0                   5.541e+01  5.622e+01   0.986    0.815
date == 0                         -7.079e-02  4.834e-02  -1.464    0.508
TravSol1 == 0                      6.155e+00  5.622e+01   0.109    1.000
Apport1 == 0                      -1.262e+02  7.258e+01  -1.739    0.336
Apport2 == 0                       2.688e+01  9.181e+01   0.293    0.998
date:TravSolnon:Apportaucun == 0   1.060e-01  7.895e-02   1.342    0.590
date:TravSoloui:Apportaucun == 0   1.121e-01  5.582e-02   2.009    0.207
date:TravSoloui:Apportamdmt == 0   3.598e-02  7.385e-02   0.487    0.983
date:TravSolnon:Apportcendre == 0 -6.054e-03  5.582e-02  -0.108    1.000
(Adjusted p values reported -- single-step method)


CEPENDANT, si on regarde bien les résultats, mon témoin dans lmer serait "Travail du Sol = oui " (TravSoloui) et "Apport de cendre" (Apportcendre), hors dans mon relevel, je lui ai indiqué que je voulais comme témoin " Travail du Sol = non" (TravSol == "non") et "Pas d'apport" (Apport == "aucun")

Si quelqu'un pouvait m'indiquer comment résoudre ce petit probleme de témoin , ça m'arrangerait beaucoup, surtout pour l'analyse finale de mes résultats ...
Existe t-il une autre méthode que "relevel" pour ça ?

Merci d'avance,
Marine.

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