[Question de statistique] Odd-ratio

[Charles Marcucci]

Bonjour
Je commence par m’excuser car ce n'est pas une question en lien direct avec le logiciel R mais une question de statistique. J'ai essayer deux autres forums de statistique mais je n'ai pas eu de réponse.

Je sais que ce sujet n'a pas sa place ici mais j'ai besoins d'une réponse.

Je souhaite savoir si la méthode de rédaction de mon tableau de contingence est bonne car je travail avec une variable catégorielle avec plus de 2 niveaux.

J'ai une population que j’étudie vis à vis de antibiothérapie qu'ils ont reçu. la conformité est une variable binaire avec 1 pour Conforme aux référentielles et 0 pour non conforme.

J'ai un problème sur le calcule d'un OR.
J'ai une variable service qui peut prendre 4 valeurs différentes (A, B , C ou D).
Je souhaite calculer OR concernant la conformité de l’antibiothérapie en fonction du service.

Si j'ai les valeurs suivantes
Service A : 10 Conforme et 25 non conforme
Service B : 8 Conforme et 20 non conforme
Service C : 25 Conforme et 10 non conforme
Service D : 20 Conforme et 08 non conforme

Donc pour savoir si l'exposition au service A impact sur la conformité de l'antibiothérapie j'ai le tableau de contingence

Code : Tout sélectionner

                  1      0
A             10     25
B+C+D     53    38

Donc pour savoir si l'exposition au service B impact sur la conformité de l'antibiothérapie j'ai le tableau de contingence

Code : Tout sélectionner

                 1      0
B               8      20
A+C+D     55    43

Est-ce que la méthode que j'utilise pour faire mes tableau de contingence est correct pour le calcule d'un OR ?


Merci d'avance

[matthieu faron]

Vous êtes effectivement totalement hors sujet sur le forum....

Toutefois c'est l'été il n'y a pas beaucoup de monde (donc je vous donne quelques pistes) : la réponse à votre question dépends de vos hypothèses exactes de départ.
La façon dont vous rédigez votre tableau de contingence répondra à la question les habitudes de prescriptions du service A sont-elles différentes de celles des autres services ? Puis la deuxième partie : les habitudes du service B sont elles différentes de celles des autres services ?

S'il n'y avait qu'une seule comparaison (pré-spécifiée avant de voire les données) ça serait bien... mais vous faites plusieurs comparaisons (peut être obtenu à posteriori suggérées par les données ?). Il y a donc des comparaisons multiples qu'il faudrait prendre en compte pour corriger la p-value... Et le service A sert de contrôle au service B et le B de contrôle au A c'est embêtant.
Du coup peut être faudrait-il commencer par un test global (un chi-2 sur la totalité des services) pour commencer par répondre à la question : les prescriptions varient-elles selon le service de façon globale ? Puis de ne regarder les sous-groupes qu'en cas de significativité...

[Charles Marcucci]

Merci pour la réponse.

Mon test de Khi 2 est significatif justement sur l'ensemble des services. C'est pour ça que je souhaitai savoir comment faire l'OR avec le logiciel R.
J'ai utilisé twoby2 mais c'est pour des comparaisons 2*2. La j'ai un tableau 2*4.
Ce que je pensai faire c'etait faire la choses suivante
resultat9 <- glm(CONFORMITE..GLOBALE~SERVICE , data=pop ,family="binomial")
summary(resultat9)
exp(Estimate) pour chaque service

pour faire l'intervalle de confiance
confint(resultat9)
Exp(2.5%) exp(97.5%) pour l'intervalle de confiance

Est-ce la bonne méthode?

[Charles Marcucci]

Bonjour

J'ai posé la question sur plusieurs forum de stat et j'ai enfin ma réponse.

Donc oui cette méthode fonctionne on fait le GLM des deux variables , puis exp(estimate) du facteur voulu.
puis confint et exp(2.5) et exp(97.5)

sinon library(epitools) puis oddsratio.

Voila