Déclaration de réplicats et de covariable dans glm

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Frédéric Hérault
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Déclaration de réplicats et de covariable dans glm

Messagepar Frédéric Hérault » 11 Jan 2008, 09:40

Bonjour,

Je cherche à étudier le niveau d'expression de certains gènes en fonction de plusieurs états de nutrition.

Pour cela j'étudie le dispositif suivant:

4 groupes d'animaux : Témoin, A, B, et C dont les effectifs respectifs sont 10, 11, 9 et 10.

Je dispose de 3 mesures (réplicats) par animal et par gène soit environ 120 données par gène. (gène = C2, G1, A4…..)

Je dispose également de mesure sur un gène invariant, qui me sert à « normaliser » mes données. Cette mesure est représentative de mon échantillon de départ.


identifiant Groupe Invariant C2 G1 A4
001_ C 6.91 18.43 28.12 18.89
001_ C 6.92 18.22 28.11 19.07
001_ C 6.76 18.48 28.55 19.06
004_ A 7.19 19.41 27.92 18.71
004_ A 7.07 18.95 27.1 18.65
004_ A 7.09 18.86 26.96 18.78
005_ C 6.79 18.65 28.61 19.64
005_ C 6.83 18.69 28.61 19.75
005_ C 6.86 18.7 28.21 19.94
008_ A 7.51 19.49 27.69 19.32
008_ A 7.13 19.12 27.41 19.01
008_ A 7.17 18.94 27.32 18.83
009_ C 6.65 17.7 30.32 18.49
009_ C 6.74 17.92 29.66 18.71
009_ C 6.72 17.91 29.84 18.32
012_ A 7.25 19.23 27.16 19.69
012_ A 7.06 18.94 27.03 19.77
012_ A 6.99 18.88 26.92 19.33
013_ C 6.59 17.44 28.37 18.26
013_ C 6.73 17.83 28.22 18.54
013_ C 6.62 17.68 28.33 18.07
016_ A 7.21 18.85 28.39 17.85
016_ A 7.05 18.95 28.5 17.69
016_ A 6.72 18.68 28.77 17.35
017_ C 6.65 18.11 28.37 19.3
017_ C 6.83 18.31 28.52 19.53
017_ C 6.86 18.52 28.8 NA

....

112_ B 6.36 18.96 27.72 19.29
112_ B 6.46 18.76 28.53 18.79
112_ B 6.17 18.58 27.63 18.63
113_ Temoin 6.46 18.89 29.27 19.72
113_ Temoin 6.54 19.16 28.8 19.65
113_ Temoin 6.72 19.12 29.15 20.12
116_ B 6.64 19 28.6 20.36
116_ B 6.16 18.63 27.66 19.83
116_ B 5.39 17.76 26.89 18.32
117_ Temoin 6.08 18.7 31.33 20.06
117_ Temoin 6.53 19.08 31.15 20.37
117_ Temoin 8.68 19.37 32.17 20.75
120_ B 6.21 18.3 28.13 18.69
120_ B 6.29 18.05 29.4 18.89
120_ B 5.61 17.93 28.32 18.44



Dans un premier temps mon approche a été la suivante :

1 - Moyenner les réplicats : je passe de 120 données à 40 données pour mon dispositif.
mesure 1_001_C2)
mesure 2_001_C2) -> moyenne_001_C2
mesure 3_001_C2)

2 - Normaliser les données par rapport la mesure invariante par soustraction
moyenne_001_C2- moyenne_001_Invariant= 001_C2_corrigé

Analyser les effets des groupes sur mes données selon le modèle.

Code : Tout sélectionner

modele<-glm(C2_corrigé~Groupe,na.action=na.omit)
Test<-Anova(modele,type="III",test.statistic="F")


Dans cette approche deux points me chagrine:

1- Moyenner les réplicats :
Plutôt que de faire la moyenne de mes réplicats, je souhaiterai pouvoir utiliser l’ensemble de mes données en spécifiant dans mon modèle que je dispose de réplicat.
Mais après plusieurs recherche et lecture sur le forum, je ne comprends toujours pas comment rédiger le modèle.

2- Normaliser les données par rapport une mesure invariante :
Ne vaudrait il pas mieux déclarer le gène invariant en tant que covariable ??

selon le modèle
C2 en fonction de Invariant selon les groupes, que j'écrirai:

Code : Tout sélectionner

glm(C2~Invariant/Groupe,na.action=na.omit)


Merci de vos conseils.
Frédéric

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