comment ajouter les facteurs à une RDA

[Guillaume Foursov]

Bonjour,

Je réalise une analyse RDA à l'aide de la library vegan, sur un tableau comprenant des variables à expliquer (composés chimiques de type quantitatives) et des variables explicatives (environnementales quantitatives de type climat et physico-chimiques) pour 216 individus.

Voici la partie de mon tableau explicatif:
str(Xmat)
'data.frame': 216 obs. of 11 variables:
$ Temperature : num 11.4 11.5 11.4 11.6 10.8 ...
$ PAR : num 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 ...
$ Nappe : num 9.3 9.3 9.3 9.3 9.3 9.3 9.1 9.1 9.1 9.1 ...
$ Precipitations: num 54.2 54.2 54.2 54.2 54.2 54.2 54.2 54.2 54.2 54.2 ...
$ TC : num 41.3 40.4 40.1 40.6 41.4 ...
$ TN : num 0.803 0.605 0.563 0.625 0.592 ...
$ Conductivite : num 50.8 51 52 47.6 47.5 48.6 40 36.1 39.5 43.3 ...
$ Predox : num 53 54 50 51 55 52 51 41 44 42 ...
$ pHeau : num 3.93 3.91 4 4 4.07 3.99 4.08 4.12 4.07 3.99 ...
$ pHsph : num 4.42 4.57 4.52 4.67 4.58 4.58 4.71 4.92 4.71 4.72 ...
$ redox : num 53 54 50 51 55 52 51 41 44 42 ...

Et voici la partie de mon tableau à expliquer
data.frame': 216 obs. of 3924 variables:
$ M101.0235T200 : num 3.3 3.18 3.29 3.26 3.22 ...
$ M101.0712T540 : num 4.29 4.22 4.24 4.23 4.17 ...
$ M105.0549T221 : num 4.08 3.76 4.27 3.72 4.12 ...
$ M105.0548T319 : num 3.5 3.09 3.74 2.9 3.44 ...
$ M105.07T540 : num 4.36 4.22 4.29 4.23 4.28 ...
$ M105.0699T126 : num 3.87 4.02 4.48 4.07 3.92 ...
$ M106.0734T540 : num 3.17 3.1 3.05 3.12 3.15 ...
$ M107.5054T115 : num 3.99 3.9 3.8 3.88 4 ...
$ M107.5311T243 : num 3.84 3.77 3.79 3.63 3.87 ... .....

J'ai de plus, différents facteurs dans mon étude (l'espèce, la partie de plante, le mois, la placette, le traitement).
J'arrive à visualiser les 2 plots (scalling 1 et 2) des variables explicatives et l'ensemble des individus mais je n'arrive pas à les distinguer.

Ma question est :

Quelle lignes de code, quelles fonctions me permettraient de pouvoir visualiser les groupes d'individus selon les différents facteurs évoqués précédemment ?

Merci pour votre réponse, en espérant avoir été assez clair dans mes explications.

Guillaume

[Maxime Hervé]

Bonjour,
je ne suis pas sûr de totalement saisir la question, mais si vous souhaitez représenter un facteur à la fois (ou une interaction entre plusieurs facteurs) il y a la fonction MVA.plot() du package RVAideMemoire qui gère un assez grand nombre d'analyses multivariées.
Maxime

[Guillaume Foursov]

Bonjour,
je ne suis pas sûr de totalement saisir la question, mais si vous souhaitez représenter un facteur à la fois (ou une interaction entre plusieurs facteurs) il y a la fonction MVA.plot() du package RVAideMemoire qui gère un assez grand nombre d'analyses multivariées.
Maxime

Bonjour,

Je connais cette fonction, mais lorsque je lance ce package, R studio ne le reconnait pas quand je l'appelle avec library(RVAideMemoire) ...

Guillaume

[Maxime Hervé]

R studio ne le reconnait pas quand je l'appelle avec library(RVAideMemoire)

Vous voulez dire qu'il ne trouve pas la fonction ? Dans ce cas c'est que vous devez mettre à jour le package.

Maxime

[Guillaume Foursov]

R studio ne le reconnait pas quand je l'appelle avec library(RVAideMemoire)

Vous voulez dire qu'il ne trouve pas la fonction ? Dans ce cas c'est que vous devez mettre à jour le package.

Maxime

Bonjour,

Je prend note de votre remarque. je vais tenter cette fonction MVA.plot(). Merci pour votre réponse.

Guillaume

[Guillaume Foursov]

R studio ne le reconnait pas quand je l'appelle avec library(RVAideMemoire)

Vous voulez dire qu'il ne trouve pas la fonction ? Dans ce cas c'est que vous devez mettre à jour le package.

Maxime

Bonjour,

Cela fonctionne. Ainsi que la fonction MVA.plot(). Merci pour ce conseil.


Guillaume