Autocorrélation temporelle avec GLMM

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Guillaume Adeux
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Autocorrélation temporelle avec GLMM

Messagepar Guillaume Adeux » 25 Oct 2016, 14:22

Bonjour à tous,

Je cherche à modéliser l'évolution d'une espèce végétale (E. crus galli) dans différents systèmes de culture (4). J'ai 5 années de données (an) et deux répétitions (bloc). "an" et "bloc" sont des facteurs aléatoires. La densité a été utilisée pour caractériser l'évolution de cette espèce (variable de type comptage donc famille=poisson). Les mesures ont été répétées chaque année sur chaque bloc.

Mon script est le suivant:

Code : Tout sélectionner

pi=read.csv("C:/Users/Guillaume/OneDrive/Documents/WEED/Pimais.csv", header=TRUE, sep=";")
pi$bloc=as.factor(pi$bloc)
pi$an=as.numeric(pi$an)
pi$total=as.numeric(pi$total)
pi$syst=as.factor(pi$syst)

dECG=glmmPQL(ECG~syst*an,random=~1|bloc,family=poisson(link="log"),correlation=corARMA(form=~an|bloc),data=pi)


Cela me renvoit le message d'erreur suivant:
itération 1
Error in getGroupsFormula.default(correlation, asList = TRUE) :
'form' argument must be a formula


et lorsque je fais:

Code : Tout sélectionner

dECG=glmmPQL(ECG~syst*an,random=~1|bloc,family=poisson(link="log"),correlation=corCAR1(form=~an|bloc),data=pi)


Cela me renvoit le message d'erreur suivant:

itération 1
Error in Initialize.corCAR1(X[[i]], ...) :
covariate must have unique values within groups for "corCAR1" objects


Merci de bien vouloir me filer un coup de main. Je vous en serais très reconnaissant.

Guillaume ADEUX

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