Erreur cercle de corrélation RDA

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Guillaume Foursov
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Erreur cercle de corrélation RDA

Messagepar Guillaume Foursov » 02 Nov 2016, 16:12

Bonjour,

J'effectue une analyse RDA à l'aide de la librairie vegan et de la librairie RVAideMemoire, sur un tableau comprenant des variables à expliquer (composés chimiques de type quantitatives) et un tableau comprenant des variables explicatives (environnementales quantitatives de type climat et physico-chimiques et des facteurs qualitatifs) pour 36 échantillons.

Voici le tableau explicatif:
str(climat)
'data.frame': 36 obs. of 15 variables:
$ Espece : Factor w/ 1 level "SM": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
$ Partie : Factor w/ 1 level "Haut": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
$ Traitement : Factor w/ 2 levels "C","HOT": 1 2 2 1 1 2 1 2 2 1 ...
$ Mois : Factor w/ 6 levels "Aout","Juillet",..: 4 4 4 4 4 4 3 3 3 3 ...
$ Placette : Factor w/ 1 level "Dry": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
$ Temperature : num 11.4 11.5 11.4 11.6 10.8 ...
$ PAR : num 35 35 35 35 35 35 48 48 48 48 ...
$ Nappe : num 9.3 9.3 9.3 9.3 9.3 9.3 19 19.5 13.5 19 ...
$ Precipitations: num 54.2 54.2 54.2 54.2 54.2 54.2 19 19 19 19 ...
$ TC : num 41.3 40.4 40.1 40.6 41.4 ...
$ TN : num 0.803 0.605 0.563 0.625 0.592 ...
$ Conductivite : num 50.8 51 52 47.6 47.5 48.6 51 50 45.6 54 ...
$ Predox : num 374 375 362 363 378 373 332 352 330 346 ...
$ pHeau : num 3.93 3.91 4 4 4.07 3.99 3.94 3.92 4.04 3.93 ...
$ pHsph : num 4.54 4.13 4.71 4.62 4.77 4.79 4.4 4.04 4.43 4.65 ...

Et voici le tableau à expliquer:
str(phenol)
'data.frame': 36 obs. of 3924 variables:
$ M101.0235T200 : num 3.42 3.72 3.43 3.41 3.37 ...
$ M101.0712T540 : num 4.33 4.35 4.32 4.31 4.25 ...
$ M105.0549T221 : num 3.67 4.22 3.96 4.05 3.71 ...
$ M105.0548T319 : num 0 3.29 0 3.44 0 ...
$ M105.07T540 : num 4.4 4.45 4.48 4.44 4.38 ...
$ M105.0699T126 : num 4.69 3.1 2.76 4.01 0 ...
$ M106.0734T540 : num 3.34 3.39 3.35 3.33 3.26 ...
$ M107.5054T115 : num 4.01 3.88 3.88 3.95 4.03 ...
$ M107.5311T243 : num 3.66 3.71 3.8 3.59 3.72 ... ...

J'arrive sans soucis à effectuer l'analyse RDA, les graphiques des individus , le cercle de corrélation pour les variables explicatives mais R indique une erreur lorsque je demande à voir le cercle de corrélation avec UNIQUEMENT LES VARIABLES A EXPLIQUER:

> MVA.plot(RDA,"corr",set=2)
Error in if (lim < 1) { : missing value where TRUE/FALSE needed
In addition: Warning message:
In cor(dep.var, sco, use = "pairwise") : the standard deviation is zero

J'ai regardé s'il y avait des NA , à l'aide la fonction is.na(), R m'indique FALSE à chaque fois.

Avez vous une solution, un éclairage à mon problème ?

Bonne soirée

Guillaume

Maxime Hervé
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Re: Erreur cercle de corrélation RDA

Messagepar Maxime Hervé » 03 Nov 2016, 08:45

Bonjour,

il doit y avoir au moins un coefficient de corrélation qui ne peut pas se calculer. Pouvez-vous afficher le résultat de MVA.cor(RDA,set=2) ?

Maxime

Guillaume Foursov
Messages : 6
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Re: Erreur cercle de corrélation RDA

Messagepar Guillaume Foursov » 03 Nov 2016, 12:31

Bonjour,

La fonction MVA.cor(RDA,set=2) s'effectue mais un message d'alerte apparaît:

Warning message:
In cor(dep.var, sco, use = "pairwise") : the standard deviation is zero

Il y a toujours cette erreur d'écart type égal à 0. De plus en regardant le résultat de cette fonction, j'ai constaté la présence de NA alors que j'ai testé leurs présences avec is.na().

Cordialement

FOURSOV Guillaume

Maxime Hervé
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Re: Erreur cercle de corrélation RDA

Messagepar Maxime Hervé » 03 Nov 2016, 14:40

La situation s'éclaircit. Il semble qu'au moins une de vos variables à expliquer soit constante. Pourriez-vous le vérifier ?

Si c'est le cas, supprimez la ou les variables en question de l'analyse. De toute façon elle ne sert à rien puisque ne variant pas, elle n'apporte aucune information.

Maxime


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