Analyse en mesures répétées [Résolu]

[Elise Lahaye]

Bonjour à tous et à toutes,

Je suis étudiante en master d'écologie et je débute sur R. J'essaie depuis quelques jours d'analyser le jeu de données suivant mais j'avoue que je tourne un peu en rond...

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   ind taille   eclairement temps      temperature
1    1  petit          fort     0 15.7666666666667
2    1  petit          fort     1 24.5333333333333
...
62   9  grand        faible     5 49.2333333333333
63   9  grand        faible     6 53.5333333333333

J'aimerais faire une analyse en mesures répétées puisque j'ai 6 mesures par individu. J'ai d'abord essayé d'écrire le code avec le jeu de données tel quel mais j'ai ensuite lu sur internet qu'il me fallait des valeurs numériques pour la fonction interaction.plot. Donc j'ai changé mon jeu de données comme ci (remplaçant les mots par des valeurs représentatives de l'intensité) :

Code : Tout sélectionner

   ind taille eclairement temps      temperature
1    1      1           3     0 15.7666666666667
2    1      1           3     1 24.5333333333333
...
62   9      3           1     5 49.2333333333333
63   9      3           1     6 53.5333333333333

Le contenu de ce jeu est donc le suivant :

Code : Tout sélectionner

forme <- structure(list(ind = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L,
4L, 4L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L,
7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 8L, 8L, 8L, 8L, 8L, 8L, 8L, 9L, 9L,
9L, 9L, 9L, 9L, 9L), taille = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L,
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L), eclairement = c(3L, 3L, 3L, 3L,
3L, 3L, 3L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 2L, 2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), temps = c(0L, 1L,
2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L,
4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L,
6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L,
1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L), temperature = structure(c(5L,
11L, 14L, 19L, 21L, 27L, 33L, 9L, 17L, 26L, 34L, 39L, 43L, 48L,
3L, 36L, 47L, 52L, 54L, 58L, 60L, 4L, 12L, 15L, 20L, 23L, 28L,
35L, 8L, 16L, 25L, 31L, 38L, 42L, 44L, 2L, 30L, 46L, 49L, 51L,
56L, 57L, 6L, 10L, 13L, 18L, 22L, 28L, 32L, 7L, 16L, 24L, 30L,
37L, 41L, 45L, 1L, 29L, 40L, 50L, 53L, 55L, 59L), .Label = c("15.2666666666667",
"15.3333333333333", "15.5666666666667", "15.7333333333333", "15.7666666666667",
"15.8666666666667", "15.9333333333333", "16.0333333333333", "16.4333333333333",
"23.8666666666667", "24.5333333333333", "25,00", "25.2", "25.7333333333333",
"26.1", "26.7", "28.2333333333333", "28.4333333333333", "28.7666666666667",
"29.3333333333333", "30.3333333333333", "30.7333333333333", "30.8666666666667",
"31.6333333333333", "31.7666666666667", "32.5333333333333", "33.3666666666667",
"33.6", "34.7", "34.8", "34.8333333333333", "34.9666666666667",
"35.1", "35.3666666666667", "35.7", "36.9333333333333", "37.7333333333333",
"37.8333333333333", "37.9333333333333", "38.4666666666667", "39.0333333333333",
"39.0666666666667", "39.3333333333333", "41.4", "41.5333333333333",
"41.6333333333333", "41.7", "41.9", "44.9", "45.2333333333333",
"46.1", "46.2333333333333", "46.6666666666667", "48.1666666666667",
"49.2333333333333", "51.9666666666667", "53.2666666666667", "53.4",
"53.5333333333333", "56.2666666666667"), class = "factor")), .Names = c("ind",
"taille", "eclairement", "temps", "temperature"), class = "data.frame", row.names = c(NA,
-63L))

Sur lequel j'ai essayé d'appliquer le script suivant :

Code : Tout sélectionner

forme<-within(forme, {
ind<-factor(ind)
taille<-factor(taille)
eclairement<-factor(eclairement)
temps<-factor(temps)
})

with(forme, interaction.plot(temps, taille, temperature,
  ylim = c(5, 20), lty= c(1, 12), lwd = 3,
  ylab = "temperature", xlab = "temps", trace.label = "taille"))

anova1<-aov(temperature~taille*temps+Error(ind),data=forme)
summary(anova1)

Lorsque j'essaie de faire le plot, le message d'erreur suivant s'affiche 21 fois (et aucune ligne ne se dessine sur le graphique) :

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In mean.default(X[[i]], ...) : l'argument n'est ni numérique, ni logique : renvoi de NA

Et pour l'anova, j'obtiens ceci :

Code : Tout sélectionner

> anova1<-aov(temperature~taille*temps+Error(ind),data=forme)

Error in qr.qty(qr.e, resp) : la modification du mode de stockage d'un objet 'factor' n'est pas autorisée

De plus : Warning messages:
1: In model.response(mf, "numeric") :
  l'utilisation de type="numeric" avec une réponse de type facteur sera ignorée
2: In Ops.factor(y, z$residuals) : ‘-’ not meaningful for factors

La fonction summary me donne quand même des résultats mais étant donné tous les messages d'erreur qui s'affichent en amont je pense que ce qui est affiché n'est pas correct... Et j'ai beau cherché, je ne trouve pas le problème!

D'avance merci à toutes celles et ceux qui prendront le temps de m'aider.

Bien cordialement,
Élise.

[Paul Valentine]

Bonjour,

Ton erreur vient du fait que les variables utilisées pour générer ton graphique (et ton anova) sont en "factor".
Essaye de faire la même chose avec ça (en passant tes variables en "numeric") et ça devrait mieux se passer

Code : Tout sélectionner

forme<-within(forme, {
  ind<-factor(ind)
  taille<-factor(taille)
  eclairement<-factor(eclairement)
  temperature<-as.numeric(temperature)
  temps<-as.numeric(temps)
})

EDIT: En fait, tu n'es pas obligée de changer ta variable "taille". Les facteurs suffiront pour réaliser ton interaction.plot et ton anova

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levels(forme$taille)<-c("petit","moyen","grand")

[Elise Lahaye]

Bonjour,

Super, je viens de relancer et ça marche!! Merci beaucoup!!