Erreur valeur négative

[Cyrielle Jac]

str(tab)
chr [1:23, 1:238] "IR160249" "IR160261" "IR160262" "IR160263" "IR160287" "IR160289" "IR160290" "IR160296" "IR160297" ...
- attr(*, "dimnames")=List of 2
..$ : chr [1:23] "7" "17" "18" "19" ...
..$ : chr [1:238] "stations" "Acanthurus_dussumieri" "Acanthurus_leucosternon" "Acanthurus_lineatus" ...


str(axes)
'data.frame': 190 obs. of 21 variables:
$ Axis.1 : num 0.149 -0.1905 0.0382 -0.1427 -0.0525 ...
$ Axis.2 : num -0.2628 -0.5189 -0.0215 0.1674 -0.0501 ...
$ Axis.3 : num 0.0371 0.1953 -0.0734 0.075 -0.1888 ...
$ Axis.4 : num 0.07844 -0.28715 0.12185 -0.00417 -0.03906 ...
$ Axis.5 : num 0.0254 -0.2316 0.0298 -0.0254 0.0985 ...
$ Axis.6 : num 0.015 0.0818 0.012 -0.0178 0.0182 ...
$ Axis.7 : num -0.00723 0.03242 0.0116 -0.02182 -0.06295 ...
$ Axis.8 : num -0.04174 0.02629 0.01396 -0.00978 0.04043 ...
$ Axis.9 : num -0.00055 0.05985 0.04899 0.00116 -0.1039 ...
$ Axis.10: num 0.05328 -0.00833 -0.00636 0.00411 0.03923 ...
$ Axis.11: num -0.0181 0.0314 -0.0377 -0.0609 0.0356 ...
$ Axis.12: num -0.00649 0.02561 -0.01878 0.0442 -0.09644 ...
$ Axis.13: num -0.06401 -0.08018 0.03394 0.03992 -0.00533 ...
$ Axis.14: num 0.0743 0.0884 0.0125 0.0432 0.0201 ...
$ Axis.15: num -0.00925 -0.03153 0.0086 0.04572 0.00778 ...
$ Axis.16: num -0.01673 -0.01865 0.00428 0.00939 0.03653 ...
$ Axis.17: num -0.01823 -0.01561 -0.00673 -0.02787 0.02155 ...
$ Axis.18: num 0.075045 0.026415 0.000831 -0.006302 -0.014495 ...
$ Axis.19: num -0.05102 0.0187 0.00233 0.00546 0.00396 ...
$ Axis.20: num -0.00772 -0.00949 0.00134 -0.0032 0.01498 ...
$ Axis.21: num 0.000436 -0.000223 0.00018 -0.003107 -0.000623 ...

Voilà mes deux tableaux

[Cyrielle Jac]

Bonsoir,

Du coup es ce que vous pourriez m'aider car je ne suis toujours pas arriver à résoudre le problème.

Cordialement

cyrielle

[Cyrielle Jac]

Bonjour,

Le mieux pour moi serait d'avoir un dataframe par station car après je dois calculer des moyennes et des variances par axes pour chaque station

Cordialement

Cyrielle

[Logez Maxime]

Bonjour,

si les rownames de axes sont bien des noms d'espèces qui sont présents dans la première colonne de tab alors tu peux faire :

Code : Tout sélectionner

tab2 <- tab
tab2 <- tab2[,-1]
tab2 <- matrix(as.integer(tab2), nrow(tab2))
dimnames(tab2) <- list(tab[,1], colnames(tab)[-1])
class(tab2) <- "table"
tab2 <- as.data.frame(tab2)

res <- cbind(tab2, axes[tab2$Var2,])
res <- res[res$Freq> 0,]


Après ton objet tab n'est pas très classique puisqu'il s'agit d'une matrice de chaînes de caractères avec pour première colonne le nom des sites.

Cordialement,
Maxime

[Cyrielle Jac]

Bonjour,

Alors cette fois ça ne me fait pas d'erreur mais ça ne fonctionne pas puisqu'en fait je n'ai pas le même nombre d'espèce et elles ne sont pas ranger dans le même ordre dans mes tableaux. Du coup ca me donne des trucs bizarres :


Var1 Var2 Freq Axis.1 Axis.2 Axis.3
Diodon_hystrix.4 IR160287 Acanthurus_dussumieri 1 0.1489 -0.2628 0.03
....
NA.1062 IR160287 Zebrasoma_velifer 1 NA NA NA


Mais je confirme bien que l'espèce Zebrasoma velifer de base est présente dans mes deux tableaux.

Cordialement

Cyrielle

[Logez Maxime]

arf j'ai oublié que var2 était un facteur :

Code : Tout sélectionner

res <- cbind(tab2, axes[as.character(tab2$Var2),])

La ça devrait fonctionner.

Cordialement,
Maxime

[Cyrielle Jac]

Ca marche!

Merci beaucoup pour l'aide!

Cordialement

Cyrielle