[Résolu] assignation ggplot différente boucle

[Mathilde Fer]

Bonjour tout le monde !

J'ai réalisé une boucle pour pouvoir réaliser des plots, à l'aide de ggplot. Chaque plot représente l’évolution d'une proportion d'individu au cours du temps.
Voilà mon code :

Code : Tout sélectionner

a<-names(test)

for(i in 2:5){
  x<-ggplot(data = test, aes(x=test[,a[1]],y=test[,a[i]]/test[,a[6]])) + geom_point()
  x<-x + xlab("Age (year cal.BP)")+ylab("Rate of reads") + labs(title=a[i])
  x<-x + geom_line(color="black",size=0.2)
  print(x)
}

Le code marche, mais le problème c'est que j'aimerai, au lieu d'assigner chaque plot à l'objet x, assigner chaque plot à l'individu correspondant soit a[i].
Je ne sais pas si j'ai été claire.

Si quelqu'un peut m'aider.

[Pierre-Yves Berrard]

Bonjour,

Code : Tout sélectionner

for(i in 2:5){
  # { code qui crée x }
  assign(paste0("graph", i), x)
}

[Mathilde Fer]

Merci bien ça marche ! j'ai juste remplacé "graph", i par a[i] et ça marche super !

[Mathilde Fer]

En fait ce n'est pas résolu...
Car quant je fais

Code : Tout sélectionner

assign(x=a[i],value = x)

j'ai certes un nom différent pour chaque graph, mais j'ai le même graph pour tous mes individus.

Si quelqu'un a la solution

[Mickael Canouil]

Bonjour,

avez-vous ajouter le "assign" dans votre boucle génératrice de graphiques? (Et non pas dans une seconde boucle)

[Mathilde Fer]

il me semble oui voila mon code

Code : Tout sélectionner

for(i in 2:5){
  x<-ggplot(data = test, aes(x=test[,a[1]],y=test[,a[i]]/test[,a[6]])) + geom_point()
  x<-x + xlab("Age (year cal.BP)")+ylab("Rate of reads") + labs(title=a[i])
  x<-x + geom_line(color="black",size=0.2)
  assign(a[i],x)
}

[Mathilde Fer]

il me donne le graph du dernier individu dans toutes mes différentes assignations

[Mickael Canouil]

Cela est dû au fait que ggplot n'évalue les variables dans "aes" que lors de l'affichage de l'objet.
Or, ici l'objet x n'est jamais évalué. Ainsi, lorsque vous voulez afficher le résultat de votre affection, ggplot évalue a[i], donc la dernière valeur de i.

Vous pouvez le vérifier, en prenant différente valeur pour "i" et en affichant le même objet crée avec assign. Vous devriez voir que lorsque i change, le graphique aussi, sans que vous faisiez de changement.

Un moyen de contourner le problème est de restreindre "l'environnement". Au lieu de travailler dans l’environnement global directement, travailler dans un environnement séparé pour chaque "i", par exemple en utilisant un lapply, et en réalisant l'affection dans l'environnement global.

Code : Tout sélectionner

test <- iris
a <- colnames(test)

plotlist <- lapply(2:4, function (i) {
    x<-ggplot(data = test, aes(x=test[,a[1]],y=test[,a[i]]/test[,a[1]])) + geom_point()
    x<-x + xlab("Age (year cal.BP)")+ylab("Rate of reads") + labs(title=a[i])
    x<-x + geom_line(color="black",size=0.2)
    assign(a[i], x, envir = .GlobalEnv)
    return(x)
})

[Mathilde Fer]

merci ! ça à l'aire de fonctionner!