Calcul de percentiles dans la fonction aggregate

[Nathalie Wessel]

Bonjour,
je suis plutôt novice avec R donc je suis désolée si ma question parait un peu simple. J'ai un dataframe de plus de 5000 lignes qui comporte une colonne unique de résultats. Chacun de ces résultat est assigné à un paramètre, une espèce, un lieu, et une année. En tout, j'ai une dizaine de paramètres, 3 espèces, 5 lieux et 5 années. Je cherche à calculer les percentiles 95 des résultats pour chacune de mes 330 catégories "paramètre/espèce/lieu/année".
Avec la fonction aggregate, j'ai pu calculer de la façon suivante les moyennes et les médianes, mais je n'arrive pas à avoir le percentile 95.

df<-read.csv2("df.csv")
m1<-aggregate(resultat~parametre+lieu+année+espece,df,median)
m1
m2<-aggregate(resultat~parametre+lieu+année+espece,df,mean)
m2

Lorsque j'essaye de calculer le percentile comme suit :
m3<-aggregate(resultat~parametre+lieu+année+espece,df,quantile(df$resultat,probs=.95))
m3

J'ai le message d'erreur suivant :
Error in get(as.character(FUN), mode = "function", envir = envir) :
object 'FUN' of mode 'function' was not found

Quelqu'un pourrait il me venir en aide?

Merci beaucoup!

Nathalie

[Dominique Soudant]

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Parametre <- c("CD","Ag")
Lieu <- 1:2
Annee <- 1981:1982
espece <- c("mytilus","crassos")
Mois <- 1:12

df <- expand.grid("lieu"=Lieu,"parametre"=Parametre,"espece"=espece,"année"=Annee,"Mois"=Mois)
df$resultat <- rnorm(nrow(DF))
m2<-aggregate(resultat~parametre+lieu+année+espece,df,mean)
m3<-aggregate(resultat~parametre+lieu+année+espece,df,quantile(df$resultat,probs=0.95)) #Pas OK
m3<-aggregate(resultat~parametre+lieu+année+espece,df,function(x) quantile(x,probs=0.95)) #OK
m3<-aggregate(resultat~parametre+lieu+année+espece,df,quantile,probs=0.95) #OK

aggregate attend un nom de fonction. Il ne reconnaît pas "quantile(df$resultat,probs=0.95)" comme un nom de fonction en revanche un nom de fonction c'est mean ou quantile.

La première soluce consiste à déclarer une fonction anonyme (je crois que c'est le terme consacré) c'est à dire qu'à la volée dans l'appel d'aggregate tu déclares une fonction qui prend en entrée un paramètre x et ce x il le passe à la fonction quantile. x c'est le résultat de l'opération consistant à découper df selon les facteurs. Ainsi chaque subset est passé à la fonction anonyme qui renvoie le résultat de son calcul soit le P95 pour chaque subset induit par les facteurs.

La seconde soluce est moins explicite mais similaire : par défaut les subsets sont passés comme premier argument de la fonction spécifiée. Si cette fonction a plusieurs argument, alors on peut les spécifier après le nom de la fonction.

@+