Equations droites de régression

[Nathalie Wessel]

Bonjour,
je souhaiterais savoir s'il existe un moyen de faire apparaitre automatiquement les équations des droites de régression directement sur un graph dans ggplot2?
Par exemple, je fais un graph multiple ou je cherche à connaître la relation entre la concentration de différents contaminants et la taille, chez deux espèces différentes.

Voici mon script pour réaliser mon graphique :

contamlong<-read.csv2("contamlong.csv")
library(ggplot2)
library(ggpmisc)
library(reshape2)
library(Hmisc)
data_contam<-melt(contamlong, id.vars=c("etiquette","individu","espece","length","weight","NT"))
library(ggplot2)
p1<-qplot(data=data_contam,y=value,x=length,color=espece)
p1<-p1 + facet_grid(espece~.,scales = "free")
p1<-p1 + facet_grid(variable~espece, scales="free")
p1<-p1 + stat_smooth(method="lm", na.rm=TRUE, aes(fill=espece))
p1<-p1 + theme_bw()
p1<-p1 + theme(legend.position = "none")
p1<-p1+labs(x ="Longueur totale (mm)", y = "Concentration en contaminant")
p1

Quelqu'un pourrait il m'expliquer, si c'est possible, comment faire pour que les équations de mes droites de régression s'affichent automatiquement sur chacun de mes graphs?

Merci beaucoup par avance!

Nathalie

[Mickael Canouil]

Bonjour,

l'extension ggplot2, nommée "ggmisc" devrait répondre à vos besoin (https://cran.rstudio.com/web/packages/ggpmisc/).

Sinon, une solution serait d'effectuer la régression en dehors du ggplot, récupérer les coefficients et les afficher via "geom_text" par exemple

[François Bonnot]

Bonjour,
Votre code n'est pas reproductible :

Code : Tout sélectionner

> contamlong<-read.csv2("contamlong.csv")
Error in file(file, "rt") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(file, "rt") :
  cannot open file 'contamlong.csv': No such file or directory

Voir ce lien :
viewtopic.php?f=1&t=7638

[Anne-Laure Guinet]

Bonjour,

Effectivement avec le package ggpmisc, cela fonctionne bien.
Dans mon exemple, MVPA et GDI sont des variables quantitatives extraites du fichier zb (lui même converti en data frame).
Vous pouvez modifier ensuite les paramètres d'affichage pour rendre le graph plus joli.

Code : Tout sélectionner

library(ggplot2)
library(ggpmisc)
df1 <- data.frame(zb)
my.formula <- df1$MVPA~df1$GDI
p1 <- ggplot(data = df1, aes(x = df1$GDI, y = df1$MVPA) +geom_point()+
  geom_smooth(method = "lm", se=FALSE))
  stat_poly_eq(aes(label = paste(..eq.label.., ..rr.label.., sep = "~~~")),
               parse = TRUE, formula = my.formula)         
 
p1


Je vais ouvrir un autre sujet car j'ai une question approchant la vôtre.

Bonne journée,

Anne-Laure