ggplot2 : heatmap - panel.background

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Jérémy Jachacz
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ggplot2 : heatmap - panel.background

Messagepar Jérémy Jachacz » 13 Avr 2017, 14:19

Bonjour,

je réalise une sorte de HeatMap avec ggplot2 et je tombe sur un os !
Avec ce code :

Code : Tout sélectionner

ggplot(don, aes(day,genes)) + #theme_bw() +
  geom_tile(aes(fill = express),colour = "white") +
  scale_fill_gradient2(low = "red",high ="green",midpoint=1) +
  facet_wrap(~traitement2,nrow=1,strip.position = "bottom",scale="free_x")+
  theme(strip.placement= "outside",
        strip.background = element_rect(fill = "lightblue",colour = "black",size=1),
        strip.text = element_text(face="bold", size=9),
        panel.spacing.x= unit(0, "lines"),
        panel.background =element_rect(fill="black"),
        panel.border = element_rect(fill=NA, size=1),
        panel.grid = element_line(linetype = 0))+
  xlab("day & treatment")


j'obtiens ceci :
http://hpics.li/1b96791

sur l'image que vous voyez j'aimerai retirer complètement la partie noir qui corresponds à

Code : Tout sélectionner

panel.background =element_rect(fill="black")

je ne sais pas si ça vient de "traitement2" qui correspond au rectangle bleu en bas et qui semble avoir des marges de chaque cotés..

L'idée et d'avoir une HM toutes cases collées avec les labels de l'axe x comme sur l'image (imbriqués).

Jérémy
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Mickael Canouil
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Re: ggplot2 : heatmap - panel.background

Messagepar Mickael Canouil » 13 Avr 2017, 15:36

Bonjour,

il vous suffit d'ajouter:

Code : Tout sélectionner

scale_x_discrete(expand = c(0, 0))

et

Code : Tout sélectionner

scale_y_discrete(expand = c(0, 0))
Mickaël
mickael.canouil.fr | rlille.fr

Jérémy Jachacz
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Re: ggplot2 : heatmap - panel.background

Messagepar Jérémy Jachacz » 25 Avr 2017, 07:20

Pourquoi faire compliqué quand on peut faire simple !

Merci !
Statisticien (69)


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