Réalisation d'une CAH problème avec les bootstrap

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Amélie Lennon
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Réalisation d'une CAH problème avec les bootstrap

Messagepar Amélie Lennon » 25 Avr 2017, 10:20

Bonjour,
Je souhaite réaliser une CAH à partir d'une ACP.
Lorsque je réalise la CAH à partir des coordonnées récoltées sur les 10 axes de l'ACP, mon code marche très bien.
Voici les premières colonnes et lignes du data frame:

Code : Tout sélectionner

          id1           id2        id3         id4        id5      ...   id158
Comp.1  4.64049648  0.8247566  1.6262771  0.090684722 -1.03077749
Comp.2  0.05841655 -0.8601239  1.2133977 -0.715298906  1.07993831
Comp.3  2.96184828 -1.8613834  0.3700402 -0.634333150  0.07268354
Comp.4 -0.22699751  0.7506207 -0.1211803  0.053436458 -1.18128023
Comp.5 -0.42179732  0.1823016  0.5222720 -0.004097393 -0.01091128
...
Comp.10   

Voici mon code:

Code : Tout sélectionner

a<-read.table("500m_10axes.txt",sep="",h=T)
row.names(a)<-a[,1]
a <- a[,2:159]
head(a)
fit <- pvclust(a, method.hclust="ward.D", method.dist="euclidean", nboot= 10 )

et j'obtiens dans la console ce type de résultat:

Code : Tout sélectionner

Bootstrap (r = 0.5)... Done.
Bootstrap (r = 0.6)... Done.
Bootstrap (r = 0.7)... Done.
Bootstrap (r = 0.8)... Done.
Bootstrap (r = 0.9)... Done.
Bootstrap (r = 1.0)... Done.
Bootstrap (r = 1.1)... Done.
Bootstrap (r = 1.2)... Done.
Bootstrap (r = 1.3)... Done.
Bootstrap (r = 1.4)... Done.

Sauf que j'aimerais utiliser seulement les 3 premiers axes de mon ACP pour réaliser la CAH. Le problème c'est que lorsque je lance le code avec le fichier contenant les 3 axes, ce type de message d'erreur s'affiche:

Code : Tout sélectionner

 Error in solve.default(crossprod(X, X/vv)) :
  Lapack routine dgesv: system is exactly singular: U[2,2] = 0
In addition: There were 11 warnings (use warnings() to see them)

et les 11 warnings sont de ce type:

Code : Tout sélectionner

 1: In a$p[] <- c(1, bp[r == 1]) :
  number of items to replace is not a multiple of replacement length

Je crois que le problème vient de la taille de bootstrap car comme on peut le voir d'après le résultat de la console, plusieurs bootstrap sortent avec le même r.

Code : Tout sélectionner

Bootstrap (r = 0.33)... Done.
Bootstrap (r = 0.33)... Done.
Bootstrap (r = 0.67)... Done.
Bootstrap (r = 0.67)... Done.
Bootstrap (r = 0.67)... Done.
Bootstrap (r = 1.0)... Done.
Bootstrap (r = 1.0)... Done.
Bootstrap (r = 1.0)... Done.
Bootstrap (r = 1.0)... Done.
Bootstrap (r = 1.33)... Done.

J'ai essayé plusieurs fois de changer les paramètres de pvclust, sans succès... Je voulais donc savoir s'il était possible de changer les incréments de r pour qu'il n'y est pas de réplications (qui sont , je pense, la cause de l'erreur que je vois apparaître dans la console)
Mon fichier 500m_3axes est exactement le même que 500m_10axes sauf qu'il n'a que 3 lignes au lieu de 10.
Merci d'avance pour toute réponse apportée.
Bien cordialement

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