Lecture des Anovas dans R

[Loic Vuillemenot]

Bonjour,

Ma question est d'ordre informatif.

J'ai une analyse statistique qui demande une Anova a 2 facteurs qui sont: Traitements (12) et releves (4 par traitements). J'ai donc fait premierement cette anova par la voie: Statistics -> Means -> Multiway Anova et j'ai donc rentre mes facteurs et ma variable a analyser.

J'ai significativite pour chaque facteurs et facteurs relies.


De la j'ai voulu faire une comparaison multiple de Tukey mais R me donne ce message: [14] ERROR: no applicable method for 'TukeyHSD' applied to an object of class "lm"

(lm qui est utilise automatiquement par R quand je lui demande l'Anova par la voie expliquee plus haut.


Par contre j'ai decouvert en faisant l'Anova par la voie de l'"aov" ecrite comme cela pour mon analyse:

aov_Firmness=aov(Firmness~Treatment*Assessment,data=Tomatoes)

Dans ce cas la, la methode de Tukey fonctionne sans probleme.


J'ai verifie les valeurs de significativite, degres de liberte etc et ils sont bien identiques entre les deux manieres de faire cette anova.


Alors quelle est la difference entre ces deux methodes de calcul de l'Anova pour que R ne veuille pas effectuer TukeyHSD avec la premiere technique?


J'essaye juste de comprendre comment R lis la chose.


Merci d'avance et j'espere ne pas etre hors sujet en posant cette question.

[Eric Wajnberg]

Une ANOVA n'est rien d'autre qu'un modèle linéaire. C'est donc normal que aov(), lm() ou glm() donnent les mêmes résultats. C'est juste que TukeyHSD() a besoin d'un objet (R) de type aov() ou glm(), et n'arrive pas à s'en sortir avec un objet fait à partir de lm(). C'est un problème interne à R.