Split-split-plot et effets aléatoires avec adonis2 (package vegan)

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Benoit Bérubé
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Split-split-plot et effets aléatoires avec adonis2 (package vegan)

Messagepar Benoit Bérubé » 03 Mai 2017, 01:32

Bonjour,

Je travaille en microbiologie des sols en contexte agricole et cherche à évaluer l'impact de différentes pratiques culturales sur la diversité du microbiome du sol par le biais d'OTUs. La même expérience est effectuée sur deux types sols, en split-split-plot avec 3 blocs (répétitions) pour chaque type de sol. Mon dispositif expérimental est une expérience factorielle (2 X 5 X 2), comprend 120 parcelles en tout et se décortique comme suit:

Type de sol: Un loam sableux et une argile limoneuse (Ainsi, mon split-split-plot se retrouve nested dans le type de sol!)
Travail de sol (parcelle principale): Labour ou travail réduit
Fertilisation (sous-sous-parcelle) : Minéral PK, Minérale NPK, Fumier de poulet, Lisier de bovin et lisier de porc
Gestion des résidus de culture: Retournés dans la parcelle ou exportés
Blocs (facteur aléatoire): Six en tout, trois par type de sol
Mes variables réponses sont l'abondance d'OTUs que je retrouve dans chaque traitement (Table d'OTUs)

J'en suis maintenant à essayer de faire une PERMANOVA avec la commande adonis2 du package vegan pour évaluer l'importance de chacun de mes facteurs sur la distribution des OTUs. Ma table a été mise en fréquence relative pour chaque parcelle et mes données ont ensuite subit une transformation d'Hellinger étant donné que j'avais beaucoup de 0 dans ma table. Pour simplifier le tout et étant donné que je n'ai pas de répétition pour chaque type de sol, je gère pour le moment les deux types de sol comme deux expériences en parallèles, donc avec deux commandes qui s'inscrive comme suit:

"PermLS <- adonis2(formula = DbHelLS ~ FIndLS$Travail*FIndLS$Fertilisation*FIndLS$Residus, random =~1|FIndLS$Bloc*(FIndLS$Travail*FIndLS$Fertilisation*FIndLS$Residus), data = FIndLS, permutations = 999, method = "euc", add = FALSE, strata = "FIndLS$Travail/FIndLS$Fertilisation/FIndLS$Residus")"
ou DbHelLS est ma table de variables réponses pour le loam sableux, FIndLS la table de mes variables indépendantes que j'invoque pour le même type de sol.

Voici plusieurs de mes interrogations:
- J'aimerais faire sortir un output de mes erreurs expérimentales (Bloc X Chacun des traitements et Bloc X Interactions possible). Savez-vous comment bien programmer un facteur aléatoire dans cette commande?
- Comment entrer le modèle split-split-plot comme il faut sous R? Je suis conscient que mon modèle actuel ne représente pas totalement mon dispositif convenablement.
- Concernant l'option "method", mon laboratoire m'a dit d'utiliser Jaccard, car cela est plus approprié en écologie, mais un collègue plus callé en statistiques m'a dit que "euc" pourrait convenir et me permettrait de conserver mon information à propos de l'abondance de ma table d'OTUs. Votre avis?
- Concernant l'option "strata", je suis conscient que je ne peux pas vraiment effectuer mes permutations librement considérant mon split-split-plot, mais quelle interaction devrais-je alors entrer et comment?
- Enfin, y aurait-il moyen d'entrer le tout pour les deux types de sol sous un même commande? Je n'aurai pas assez de puissance statistique pour mon facteur "Sol", mais de ce manière je pourrais tout de même évaluer les interactions entre le "Type de sol" et les autres facteurs de mes traitements.

J'espère que le tout est clair. N'hésitez pas si vous avez de précisions et toute aide sera la bienvenue! Si vous pensez qu'une autre commande ou package serait plus approprié, je suis ouvert. L'ensemble de mon labo a un peu un mal de crâne sur mes statistiques en ce moment! Hehe

Merci!

Au plaisir,

Benoit Bérubé

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