Anova et GLM (R core)

[Benoît Chtioui]

Bonjour,

J'ai dait un GLM sur un jeu de données que j'ai testé avec

Code : Tout sélectionner

anova(GLM, test="Chisq")

J'ai des effets significatifs (*) sur des variables qui ont plusieurs modalités. J'aimerais connaître la fonction pour savoir comment avoir ces différences sur une anova d'un GLM (je sais que TukeyHSD() s'applique sur aov mais là il ne marche pas).
J'ai testé le glht du package multcomp mais j'ai aucune pvalue significative alors que mon anova en avait bien une.
Sur le summary(GLM) je n'ai pas d'étoile pour des modalités.

Merci

[Eric Wajnberg]

Curieux.

La fonction glht du package multcomp fonctionne bien. Il y a de nombreuses discussions et exemples de l'utilisation de cette fonction sur ce forum, par exemple ici: viewtopic.php?f=3&t=4972&p=22484&hilit=glht#p22484

HTH, Eric.

[Benoît Chtioui]

Je cherche en effet sur internet et jusqu'ici je ne trouve rien.
Pour mon cas, je dois faire marcher des glms qui comportent des interactions et le test glht tukey ne montre plus une seule différence.
Il marche en effet sur des modèles sans interactions sauf que les miens ont besoin des interactions que j'ai introduit et je ne trouve donc toujours pas comment paramétrer cette fonction ou une autre fonction pour mon cas.

[Eric Wajnberg]

Encore une fois. Il y a de nombreuses discussions sur ce forum à ce sujet et qui répondent à vos questions, je pense. Par exemple, encore, ici: viewtopic.php?f=3&t=7410&p=34496&hilit=glht+lsmean#p34496

Eric.

[Florent Aubry]

Il n'y a peut-être aucun mystère mais un simple problème statistique. anova dit que selon le critère de la somme des carrés de type I, l'analyse conclut à ce que la moyenne de chacun des groupes définis par les modalités sont différents au seuil de 0,05. L'analyse post-hoc de Tukey compare deux à deux les moyennes et corrige des comparaisons multiples. Donc dans le premier cas, le résultat repose sur N - 1 comparaisons s'il y a N niveaux au facteur et dans l'autre cas, sur N(N - 1)/2 comparaisons. Si la significativé du facteur selon anova est proche du seuil de 0,05, il est possible que le test post-hoc de Tukey n'arrive pas à trouver de différence significatives entre groupes à cause de cette comparaison.