Appliquer la fonction ICE selon une variable.

[Manon Jean]

Je dispose d'un data.frame de ce type (j'ai enlevé des lignes entre les deux communes), et j'ai 106 communes comme ça

Code : Tout sélectionner

> inf2013
                      COMMUNE                 Nomespece X5 X10 X15 X20 X25 X30
1        ANCTOVILLE-SUR-BOSCQ                 Pouledeau  0   0   1   0   0   0
2        ANCTOVILLE-SUR-BOSCQ            Goelandargente  0   1   0   0   0   0
3        ANCTOVILLE-SUR-BOSCQ              Pigeonramier  0   1   1   1   1   1
[...]
24                    ANGIENS            Goelandargente  0   0   0   1   1   0
25                    ANGIENS            Pigeoncolombin  0   0   1   0   0 
etc

en voici la structure :

Code : Tout sélectionner

> str(inf2013)
'data.frame':   2886 obs. of  8 variables:
 $ COMMUNE  : Factor w/ 106 levels "ANCTOVILLE-SUR-BOSCQ",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ Nomespece: Factor w/ 99 levels "Accenteurmouchet",..: 83 37 75 70 48 98 1 87 56 45 ...
 $ X5       : int  0 0 0 1 0 0 1 1 1 1 ...
 $ X10      : int  0 1 1 0 0 1 0 1 1 0 ...
 $ X15      : int  1 0 1 0 0 0 0 1 1 0 ...
 $ X20      : int  0 0 1 0 1 1 0 1 0 1 ...
 $ X25      : int  0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 ...
 $ X30      : int  0 0 1 0 0 1 0 1 0 1 ...

A partir de ce tableau je voudrais calculer l'ICE (un estimateur de biodiversité) qui se fait avec la fonction ICE, pour chaque commune.
Mais pour exécuter la fonction il faut des tableaux avec en première colonne les espèces et les autres colonnes les unités d'échantillonnage (ici de X5 à X30).

Je n'arrive pas à savoir comment faire ma boucle pour que R me crée un tableau ICEtest avec le ICE pour chaque commune. J'ai fait ça pour l'instant :

Code : Tout sélectionner

ICEtest=data.frame(1:106,1:106)
ICEtest[,1]=levels(unique(inf2013[,1]))
for (i in 1:nrow(inf2013)){
  for(j in 1:nrow(ICEtest)){
  if (inf2013[i+1,1]!=inf2013[i,1])
    ICE[j,2]=ICE(inf2013[i,2:8], taxa.row=T)
  }}

j'ai donc créé un data.frame où mettre mes ICE calculés puis j'ai tenté deux boucles.
Evidemment ça ne marche pas.
Sauriez-vous comment me dépatouiller de ça ?
Merci,
Manon.

[Gabriel Terraz]

Salut,

Peut-être que quelque chose dans le style :

Code : Tout sélectionner

by(inf2013[,-1], inf2013$COMMUNE, ICE)

Difficile d'aider plus car je ne connais pas cette fonction

[Manon Jean]

c'est pas mal, je connaissais pas by. Le problème c'est que si je fais une commune toute seule, par exemple anctoville, j'obtiens 29.9, pas 23 obtenu avec by.

[Pierre-Yves Berrard]

Pouvez-vous donner le code qui donne 29.9 comme résultat ?

[Manon Jean]

oui voici le code :

Code : Tout sélectionner

> ICE(inf2013, taxa.row=T)
[1] 29.9
attr(,"method")
[1] "ICE"

Avec un tableau que j'ai fait pour la commune anctoville qui est de ce type :

Code : Tout sélectionner

                     X5 X10 X15 X20 X25 X30
Pouledeau             0   0   1   0   0   0
Goelandargente        0   1   0   0   0   0
Pigeonramier          0   1   1   1   1   1
Picvert               1   0   0   0   0   0
Hirondelledecheminee  0   0   0   1   0   0
etc

sa structure :

Code : Tout sélectionner

> str(inf2013)
'data.frame':   23 obs. of  6 variables:
 $ X5 : int  0 0 0 1 0 0 1 1 1 1 ...
 $ X10: int  0 1 1 0 0 1 0 1 1 0 ...
 $ X15: int  1 0 1 0 0 0 0 1 1 0 ...
 $ X20: int  0 0 1 0 1 1 0 1 0 1 ...
 $ X25: int  0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 ...
 $ X30: int  0 0 1 0 0 1 0 1 0 1 ...

[Pierre-Yves Berrard]

Il faut aussi retirer les noms d'espèces de l'analyse, visiblement.

Code : Tout sélectionner

by(inf2013[ , -(1:2)], inf2013$COMMUNE, ICE)

[Manon Jean]

oui c'est parfait ! J'ai compris comment ça marche, merci à vous !