summarize dans Rmd

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Modérateur : Groupe des modérateurs

Nathalie Brenac
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summarize dans Rmd

Messagepar Nathalie Brenac » 14 Juin 2017, 15:04

Bonjour,
Je suis ne train de faire une analyse d'un questionnaire.
La plupart des variables sont qualitatives.
j'ai fait qq analyses dans mon script et la je voudrais les voir en HTML.
j'utilise donc Rmd.

Tout fonctionnait bien et là, j'ai un problème.
voici un morceau de mon programme. Les 2 variables sont des factors.

#Bdd par rapport emploi et sans emploi
Emploi_recherche<-filter(bdd_finale2, Q8 =="En emploi"| Q8 =="Recherche_emploi")
Emploi_recherche$Q8<- factor(as.character(Emploi_recherche$Q8))

#Khi deux sur sexe et Q8 en emploi et en recherche emploi
chisq.test(table(Emploi_recherche$SEXE, Emploi_recherche$Q8))
summarize(Emploi_recherche, type="factor", variables="SEXE", group="Q8")

le message d'erreur apparait avec summarize:

Error in match.arg(type) : 'arg' should be one of “variables”, “matrix”

Je comprends pas trop ce que cela veut dire, pourriez-vous m'aider.

Le message est apparu après que j'essaie de me servir de kable.

kable (summarize (Emploi_recherche, type="factor", variables="SEXE", group="Q8"))

Merci
j'espère être claire.
Bonne journée
Nathalie

Pierre-Yves Berrard
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Re: summarize dans Rmd

Messagepar Pierre-Yves Berrard » 15 Juin 2017, 07:27

Bonjour,

De quel package est issue la fonction summarize ?
PY

Nathalie Brenac
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Enregistré le : 13 Avr 2017, 07:07

Re: summarize dans Rmd

Messagepar Nathalie Brenac » 15 Juin 2017, 11:32

Bonjour,

on le trouve la fonction dans les packages:
- paperR : Produce Summary Tables for Data Sets
- plyr :Reduces multiple values down to a single value
- dplyr :Summarise a data frame.

je l'utilise plutôt avec paperR.

en quittant Rstudio et en y revenant l'erreur à disparu mais il ne m'affiche pas le tableau voulu.
voici un bout de code

Code : Tout sélectionner

```{r,results="asis",message=FALSE, echo=FALSE, comment=NULL}
library(knitr)
library(papeR)
library(tables)
library(dplyr)

#Bdd par rapport emploi et sans emploi
Emploi_recherche<-filter(bdd_finale2, Q8 =="En emploi"| Q8 =="Recherche_emploi")
Emploi_recherche$Q8<- factor(as.character(Emploi_recherche$Q8))

#Khi deux sur sexe et Q8 en emploi et en recherche emploi
khi2<-chisq.test(table(Emploi_recherche$SEXE, Emploi_recherche$Q8))
khi2

summarize(Emploi_recherche, type="factor", variables="SEXE", group="Q8")
```


Tout fonctionne mais pour le summarize, il affiche
type variables group
<chr> <chr> <chr>
factor SEXE Q8
1 row

au lieu d'un tableau.

Merci
Bonne journée
Nathalie

Pierre-Yves Berrard
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Enregistré le : 12 Jan 2016, 23:30

Re: summarize dans Rmd

Messagepar Pierre-Yves Berrard » 15 Juin 2017, 11:42

Comme vous avez chargé dplyr en dernier, c'est summarize de dplyr qui va être appelé dans votre programme (et du coup pas avec les arguments attendus).

Il faut préciser explicitement que vous voulez utiliser summarize de papeR :

Code : Tout sélectionner

papeR::summarize(Emploi_recherche, type="factor", variables="SEXE", group="Q8")
PY

Nathalie Brenac
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Re: summarize dans Rmd

Messagepar Nathalie Brenac » 15 Juin 2017, 11:58

Merci PY.

je viens de faire les changements et tout fonctionne.
je ne savais pas qu'il pouvait y avoir u ordre dans les library().

Bonne journée
Nathalie
Bonne journée
Nathalie

Serge Rapenne
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Re: summarize dans Rmd

Messagepar Serge Rapenne » 15 Juin 2017, 12:09

Bonjour,

vu le nombre de package existant, il n'est pas étrange que des fonctions de packages différents puissent avoir le même nom. Dans ce cas c'est la dernière chargé qui prédomine. J'ai récemment eu le même problème avec la fonction "select" qui est dans les packages raster et dplyr (et dans MASS aussi d’ailleurs). c'est en faisant

Code : Tout sélectionner

?select
pour vérifier que je n'avais pas rater une option que j'ai compris le problème en voyant le retour suivant :

Code : Tout sélectionner

Help on topic 'select' was found in the following packages:

Geometric subsetting
(in package raster in library /usr/lib64/R/library)
Select/rename variables by name.
(in package dplyr in library /usr/lib64/R/library)

mais en contrôlant ce qui s'affiche au chargement du package j'aurais du le comprendre plus tôt

Code : Tout sélectionner

library(dplyr)
library(raster)
Le chargement a nécessité le package : sp

Attachement du package : ‘raster’

The following object is masked from ‘package:dplyr’:

    select

Serge

Nathalie Brenac
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Re: summarize dans Rmd

Messagepar Nathalie Brenac » 15 Juin 2017, 12:16

Merci,
je penserai à mieux regarder le chargement des packages.

Bonne journée
Nathalie
Bonne journée
Nathalie


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