[Resolu]R markdown table()

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Charles Marcucci
Messages : 52
Enregistré le : 13 Juil 2016, 09:00

[Resolu]R markdown table()

Messagepar Charles Marcucci » 18 Juil 2017, 18:34

Bonjour ,

J"ai faitr le tour de l'ensemble des site que je connais ainsi que les forum anglais.
J'ai commencer à utiliser R Markedown et j'ai essayer beaucoup de choses me je n'arrive pas a exporter les resultats en forme HTML de ma fonction table

voici le bout de code que j'ai

Code : Tout sélectionner

---
---
title: "Untitled"
output:
  html_document: default
  pdf_document: default
  word_document: default
---

```{r setup}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(xtable)
```

Voici les resultats pour l'ipilimumab
```{r cars}
table(Ipilimumab$Sexe)

```

## Including Plots

You can also embed plots, for example:

```{r pressure,echo = FALSE}
plot(pressure)
```

Note that the `echo = FALSE` parameter was added to the code chunk to prevent printing of the R code that generated the plot.



et voici le message d'erreur que j'ai de la part de studio R.

Code : Tout sélectionner

 
 
Error in table(Ipilimumab$Sexe) : object 'Ipilimumab' not found
Calls: <Anonymous> ... withCallingHandlers -> withVisible -> eval -> eval -> table


ma question comment puis-je imprimer le résultat de ma fonction table() dans le HTML
merci d'avance

Pierre-Yves Berrard
Messages : 1029
Enregistré le : 12 Jan 2016, 23:30

Re: R markdown table()

Messagepar Pierre-Yves Berrard » 19 Juil 2017, 06:26

Bonjour,
Apparemment le fichier .rmd crée son propre environnement. Il faut donc y initialiser les données.
Une solution est de charger les données depuis le disque via load() ou readRDS().
PY

Charles Marcucci
Messages : 52
Enregistré le : 13 Juil 2016, 09:00

Re: R markdown table()

Messagepar Charles Marcucci » 19 Juil 2017, 06:46

merci pour cette réponse

J'essaye de lire le fichier avec load

Code : Tout sélectionner

load("E:\Hopital\Memoire\EI des immunothérapie\Pembrolizumab\Stat_propre\Immunothérapie\Ipili")


mais ça ne marche pas j'ai le message d'erreur suivant

Code : Tout sélectionner

Error: '\H' is an unrecognized escape in character string starting ""'E:\H"


Quel est le problème ?

Merci d'avance

Edit : le probléme c'est \ c'est un symbole de saut et qu'on doit utliser \\

Michaël Delorme
Messages : 67
Enregistré le : 04 Avr 2016, 10:21

Re: R markdown table()

Messagepar Michaël Delorme » 19 Juil 2017, 06:53

Remplacer \ par / dans le chemin.

Il faudra aussi préciser le nom du fichier à charger.

Et être sûr qu'il puisse être ouvert par load() (c-à-d qu'il a été sauvé par save()), ou sinon utiliser une des fonctions read*() selon le format de fichier...

Charles Marcucci
Messages : 52
Enregistré le : 13 Juil 2016, 09:00

Re: R markdown table()

Messagepar Charles Marcucci » 19 Juil 2017, 08:01

Merci beaucoup


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