Test de Fisher, Chisq et multicomparaison

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Aurélie Le Nezet
Messages : 2
Enregistré le : 16 Juil 2017, 13:39

Test de Fisher, Chisq et multicomparaison

Messagepar Aurélie Le Nezet » 23 Juil 2017, 11:19

Bonjour,
J'ai un projet où je dois faire des tests pour déterminer s'il y a une différence de répartition de la coagulation des échantillons sanguins selon différents facteurs.
Je me suis donc intéressée au test de Chi2 "chisq.test()" et le test de fisher "fisher.test()" ainsi qu'a une comparaison multiple "fisher.multcomp()"

J'obtiens alors ceci pour les différents tests :
> Tc.RL
Etat_coagulation
Préleveur Coagulé Non.Coagulé
T1 0 5
T11 0 24
T22 0 70
T26 10 82
T29 3 223
T30 0 58
T4 0 4
T5 1 65
T7 2 83
T8 2 111
T9 0 44

> chisq.test(Tc.RL)
Pearson's Chi-squared test
data: Tc.RL
X-squared = 36.365, df = 10, p-value = 7.285e-05

Warning message:
In chisq.test(Tc.RL) : l'approximation du Chi-2 est peut-être incorrecte

> fisher.test(Tc.RL,workspace=20000000)
Fisher's Exact Test for Count Data
data: Tc.RL
p-value = 0.005616
alternative hypothesis: two.sided

> fisher.multcomp(Tc.RL)
Pairwise comparisons using Fisher's exact test for count data
data: Tc.RL

T1 T11 T22 T26 T29 T30 T4 T5 T7 T8
T11 1 - - - - - - - - -
T22 1 1.0000 - - - - - - - -
T26 1 0.8195 0.0969 - - - - - - -
T29 1 1.0000 1.0000 0.01955 - - - - - -
T30 1 1.0000 1.0000 0.09690 1 - - - - -
T4 1 1.0000 1.0000 1.00000 1 1 - - - -
T5 1 1.0000 1.0000 0.26729 1 1 1 - - -
T7 1 1.0000 1.0000 0.26729 1 1 1 1 - -
T8 1 1.0000 1.0000 0.09690 1 1 1 1 1 -
T9 1 1.0000 1.0000 0.26729 1 1 1 1 1 1

P value adjustment method: fdr


Mes interrogations sont donc :
1) Le test de Chi2 donne t'il un résultat acceptable malgré le fait que mes données ne rentre pas dans ces conditions ? (la différence entre les résultats des deux tests est assez grande je trouve, même si cela ne m'empêche pas de conclure)
2) Puis-je utiliser le test de fisher avec autant de classe dans ma variable préleveur ?
3) Le test de fisher donne t'il un résultat acceptable malgré le fait que j'ai du augmenter le workspace à 20000000 pour avoir un résultat ?
4) Si j'utilise finalement le test de Chi2, puis je tout de même faire une multicomparaison de ficher puisque c'est comparable à utiliser de nombreux tableaux de contingence 2x2.


Je suis désolée pour toutes ces questions, j'ai essayer de comprendre au mieux seul pour ne pas simplement demander "comment je fais pour analyser mes données", mais finalement je reste très incertaine de ce que je dois faire...

En espérant votre aide,
Bien cordialement

Eric Wajnberg
Messages : 776
Enregistré le : 11 Aoû 2008, 15:37
Contact :

Re: Test de Fisher, Chisq et multicomparaison

Messagepar Eric Wajnberg » 24 Juil 2017, 06:52

Vous n'est pas sur un forum de statistique. Votre question est hors-sujet ici.

Par ailleurs, de mon côté j'ai :

Code : Tout sélectionner

> fisher.multcomp()
Error: could not find function "fisher.multcomp"


Votre code n'est pas reproductible.

Cordialement, Eric.

Aurélie Le Nezet
Messages : 2
Enregistré le : 16 Juil 2017, 13:39

Re: Test de Fisher, Chisq et multicomparaison

Messagepar Aurélie Le Nezet » 24 Juil 2017, 08:16

Bonjour,
Je suis navrée pour mon erreur.
J'ai utilisé le package RVAidememoire pour la fonction.

Merci de m'avoir répondu.
Bonne continuation.
Aurélie

Charles Marcucci
Messages : 52
Enregistré le : 13 Juil 2016, 09:00

Re: Test de Fisher, Chisq et multicomparaison

Messagepar Charles Marcucci » 24 Juil 2017, 08:49

Bonjour

J'ai repondu en MP ;)


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