Dans le cadre d’une étude sur les courbes de croissance, il me faut faire ajuster l’équation d’une courbe de croissance (ici le modèle MMF de la forme Weight = (a*b+c*Age^d)/(b+Age^d) ) sur un très grand nombre d’individus, plus clairement chaque individu doit avoir sa propre courbe avec ses propres coefficients a, b, c et d. Mon souci est de pouvoir récupérer les valeurs de ces 4 coefficients pour chaque individu.
Peut-être les informations complémentaires ci-dessous pourront vous être utiles :
Pour une analyse parallèle à celle que je souhaite faire à présent, j’ai pu développer un script me permettant de déterminer les coefficients pour la courbe d’une sous-population (script qui plus développé devrait m’amener à terme à déterminer si certains facteurs ont une influence sur les coefficients). J’ai essayé de réfléchir à un moyen de résoudre mon problème en partant de cet ébauche mais sans succès.
Voici le script – petite précision, les coefficients utilisés dans le « start » sont ceux correspondant à la courbe de croissance de la population entière ajustée grâce au logiciel CurveExpert, le script ayant besoin d’une base de coefficient pour tourner:
Code : Tout sélectionner
dataFemales<-read.table("GrowthCurveFemales.txt",header=T)
library(nlme)
MMFfunc<-function(a,b,c,d,Age){
(a*b+c*Age^d)/(b+Age^d)}
startFemales=c(a=51.59,b=1528,c=1342,d=1.8)
model <- nls(Weight~(a*b+c*Age^d)/(b+Age^d),start=startFemales, data=dataFemales)
summary(model)
Mes données étant de la forme ci-dessous, mais pouvant être remaniée si nécessaire :
Code : Tout sélectionner
Year ID Sex Age Weight
2010 M10N00006 F 1 31
2010 M10N00006 F 2 33.2
2010 M10N00006 F 3 35.1
2010 M10N00006 F 4 43.1
2010 M10N00006 F 5 50
2010 M10N00006 F 6 61.4
2010 M10N00006 F 9 95
2010 M10N00006 F 10 105.1
2010 M10N00006 F 11 117.2
2010 M10N00006 F 12 126.6
2010 M10N00006 F 14 148
2010 M10N00006 F 76 818
2010 M10N00006 F 173 1002
2010 M10N00006 F 187 1073
2010 M10N00006 F 201 1082
2010 M10N00006 F 228 1200
2010 M10N00006 F 252 1210
2010 M10N00032 F 2 54
2010 M10N00032 F 3 58.2
2010 M10N00032 F 4 65.9
2010 M10N00032 F 5 73.4
2010 M10N00032 F 6 82.6
2010 M10N00032 F 8 103.7
2010 M10N00032 F 9 115.7
2010 M10N00032 F 10 128
2010 M10N00032 F 11 139.5
2010 M10N00032 F 13 166
Je vous remercie par avance pour votre aide.
Bonne journée à vous,
Aurélie